Thèse Microbiote Epigenetique et Lutte Anti-Vibriose une Approche Prophylactique Durable pour la Conchyliculture H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Perpignan Via Domitia École doctorale : Energie et Environnement Laboratoire de recherche : Interactions Hôtes-Pathogènes Environnements Direction de la thèse : Céline COSSEAU ORCID 0000000207808980 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-08T23:59:59 L'huître Magallana gigas, première espèce de coquillage élevée en France, voit sa production décliner depuis le début des années 2000 en raison de l'émergence de pathogènes. Parmi eux, Vibrio aestuarianus affecte les huîtres creuses adultes. Détectée dans l'ensemble des bassins ostréicoles français depuis les années 2000 (1), cette bactérie a fortement impacté les élevages en 2023, notamment dans l'étang de Thau.
Ce projet doctoral vise à développer des solutions prophylactiques contre les vibrioses en valorisant le microbiote naturel des huîtres. L'effet protecteur du microbiote dans la lutte anti-infectieuse est largement documenté et a conduit à son usage prophylactique sous forme de probiotiques. Cette approche, déjà reconnue en aquaculture (2), reste encore peu exploitée en conchyliculture. Ce projet s'appuie sur des travaux antérieurs ayant démontré le bénéfice du microbiote pour la santé de M. gigas (3) et notamment, nous avons montré son efficacité pour lutter contre V. aestuarianus (4). Ce projet doctoral poursuit ces travaux selon deux axes : (A) Optimiser en laboratoire le processus d'éducation et co-construire, avec les parties prenantes, des modalités d'application pertinentes (B) Approfondir les connaissances moléculaires des interactions à long terme entre l'hôte et son microbiote.
L'ostréiculture française occupe la 1ère place en Europe et génère 80% du stock total européen d'huîtres. Son intensification a entraîné l'apparition de crises sanitaires et par conséquent, ce secteur est en recherche de stratégies de lutte anti-infectieuses écoresponsables (alternative aux antibiotiques). Particulièrement, les vibrioses représentent un risque majeur pour les professionnels puisqu'elles peuvent affecter massivement les huîtres marchandes. Des taux records de mortalité ont été enregistrés en 2023 et 2024 dans la lagune de Thau, plaçant l'agent pathogène responsable, Vibrio aestuarianus, au rang de priorité majeure pour la gestion des crises ostréicoles en Méditerranée. Dans le cadre de cette problématique, nous menons des activités de recherche dont l'objectif est de tirer bénéfice des propriétés naturelles du microbiote des huîtres et de les appliquer dans un objectif de lutte biologique. Les travaux envisagés dans le cadre de ce projet de thèse ont pour objectif de poursuivre la valorisation du microbiote de M. gigas dans une stratégie appliquée de lutte anti-infectieuse. Le doctorant aura pour objectif de :
- (1) optimiser le processus d'éducation microbienne pour les huîtres, en se concentrant sur les conditions d'exposition des larves aux microorganismes (Collaboration avec Hugo Koechlin)
- (2) engager une démarche active pour améliorer l'image et l'acceptabilité de l'utilisation du microbiote. Dans cadre, le doctorant interagira directement avec les professionnels de la filière ostréicole, par le biais d'entretiens semi-directifs pour recueillir et confronter les différentes visions des acteurs et contribuer à l'élaboration de scénarios d'application partagés et réalistes (Collaboration avec Céline Jacob)
- (3) approfondir les connaissances moléculaires sur les interactions long terme hôte-microbiote. Dans ce cadre l'étudiant sera amené à (i) caractériser l'impact du microbiote sur les porteurs d'informations épigénétiques de M. gigas (ii) explorer l'effet du microbiote sur la stabilité des télomères (Collaboration avec A. Dupoué) (iii) approfondir le criblage in vitro de la banque de bactéries pour de nouvelles activités d'intérêt en lutte biologique (Collaboration R. Lami)
Le ou la candidat(e) devra s'impliquer dans la mise en oeuvre de la zootechnie avec le soutien d'un expert zootechnicien de l'écloserie de l'Ifremer d'Argenton. L'éducation microbienne sera affinée en testant différentes fenêtres d'exposition (stades larvaires), les durées d'exposition et les conditions d'élevage. Il (elle) participera à l'échantillonnage et aux expériences d'infections expérimentales.
L'engagement dans la démarche de co-construction avec les acteurs de la filière ostréicole se fera au travers un projet collaboratif avec une chercheure spécialisé en économie bleue, gouvernance environnementale et conservation du milieu marin. Le doctorant interagira directement avec les professionnels de la filière ostréicole, par le biais d'entretiens semi-directifs et d'ateliers participatifs. Ce travail avec les acteurs permettra de recueillir et de confronter les différentes visions des acteurs afin de favoriser une meilleure compréhension mutuelle de l'usage du microbiote en ostréiculture.
Les bases moléculaires des interactions hôtes-microbiote constitueront le coeur du projet doctoral. Le ou la candidat(e) réalisera et analysera les données moléculaires (« omiques ») permettant de caractériser les structures chromatiniennes et la longueur des télomères sur les échantillons prélevés. Les techniques d'ATAC-seq, Cut&Tag et Telomere assay, maitrisées dans notre unité et/ou par nos collaborateurs, seront appliquées (5, 6). Le (la) candidat(e) pourra par ailleurs s'impliquer dans le criblage des activités de la banque de bactéries en vue de leur valorisation (criblage d'activités anti-bactériennes et quorum quenching).