Thèse Etude de la Maintenance des Plasmides de Type Rep3 chez le Pathogène Humain Acinetobacter Baumannii H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Toulouse École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies Laboratoire de recherche : LMGM - Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires Direction de la thèse : Philippe ROUSSEAU ORCID 0000000263766527 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-01T23:59:59 Le système Xer (chromosomally encoded recombinase), que l'on retrouve chez presque toutes les bactéries a la charge de résoudre les dimères de chromosomes, délétères pour la cellule. Cette résolution s'opère au niveau de site dif (reconnus par Xer) en lien avec le cycle cellulaire de la bactérie (1). Au-delà de sa fonction fondamentale pour la cellule, ce système Xer est exploité par différents éléments génétiques mobiles. Par exemple, les plasmides dont la ségrégation est perturbée par la formation de multimères contiennent des homologues du site dif.

Chez Acinetobacter baumannii (Ab), bactérie dont la multi-résistance aux antibiotiques est un enjeu majeur de santé publique, il a récemment été proposé que des assemblages de sites homologues à dif (on parle ici de sites xrs pour xer recombination xites) pourraient être impliqués dans la dissémination de gènes de résistance. Par exemple, plusieurs souches portent le plasmide pABVA01 qui possède le gène blaOXA24 codant pour l'OXA24 (resistance aux carbapenemes) encadré de sites xrs (5). Cette configuration de sites xrs entourant des gènes de résistance (cassette-xrs) a depuis été retrouvée sur un grand nombre de plasmides d'Ab. Ces observations suggèrent que les cassettes-xrs puissent être un nouvel élément génétique mobile propageant des gènes de résistance via le système Xer chez Ab (6).

Dans ce cadre-là, nous avons récemment montrés que les sites xrs des plasmides d'A. baumannii sont effectivement des sites de recombinaison Xer et qu'ils permettent la formation de cointegrats de plasmides (7). Ces cointegrats semblent toutefois participer à la stabilité des plasmides, laissant penser que Xer (et les sites xrs) serait un nouveau système de stabilité des plasmides Rep_3 chez A. baumannii. Ce sont les paramètres de cette stabilité que nous souhaitons étudier maintenant.

Ce projet s'inscrit dans une collaboration avec les laboratoire de MH Laaberki (CIRI, LYON) et de E Pfeifer (INRAE, JOUY EN JOSAS) génétique microbienne
microscopie de fluorescence
ddPCR
Biochimie des protéines