Thèse Crispr et Instabilité Chromosomique H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : BoRdeaux Institute of onCology
Direction de la thèse : Aurélie BEDEL ORCID 0000000312261753
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

Le développement des outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, a révolutionné la thérapie génique. Notre équipe, équipe 8 BioGO du BRIC, est experte en thérapie génique, s'est spécialisés dans l'étude des conséquences génomiques et a mis en évidence l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques suite à la création de la cassure double brin. Ces évènements apparaissent quelque soit le type cellulaire (lignées, iPSC, cellules souches hématopoïétiques, CAR-T), et le locus ciblé. Nous faisons l'hypothèse que les conséquences cellulaires sont elles dépendantes du locus et type cellulaire. Dans la majorité des cas, ces événements disparaissent avec le temps par la voie de DNA-Damage Response (DDR). Cependant, des résultats préliminaires démontrent la possibilité de persistance et d'amplification de cellules éditées par CRISPR présentant des remaniements chromosomiques complexes. La thèse aura pour objet d'évaluer les risques oncogéniques liés à l'induction de cassures double brins en fonction du type cellulaire et du chromosome ciblé. Ce travail permettra d''établir, à l'aide de méthodes cytogénétiques (chromosome painting, SNP/CGH-array, caryotype), génétiques (ddPCR, scDNAseq) et des tests fonctionnels, une cartographie des sites présentant un risque.

Le développement des outils d'édition du génome, et en particulier CRISPR, a révolutionné la thérapie génique. Notre équipe, équipe 8 BioGO du BRIC, est experte en thérapie génique, s'est spécialisés dans l'étude des conséquences génomiques et a mis en évidence l'apparition de nombreux réarrangements chromosomiques suite à la création de la cassure double brin.

Ce travail permettra d''établir une cartographie des sites génomiques présentant un risque oncogénique en cas d'édition par CRISPR.

La stabilité du génome sera étudiée après édition par CRISPR.
Plusieurs types cellulaires humains seront testés.
L'étude de la stabilité génomique se fera par des méthodes cytogénétiques (CGH-SNParray, caryotype, chromosome painting), et génétiques (ddPCR, ssDNAseq). Les locus induisant des anomalies chromosomiques seront sélectionnés. Une cinétique permettra de déterminer si elles conférent un avantage sélectif aux cellules et modifie le devenir cellulaire. Des tests fonctionnels permettront de mettre en évidence une éventuelle transformation oncogénique.