Thèse Acides Nucléiques Comme Outil pour la Détection Simultanée de Toxines H/F

Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université de Bordeaux
École doctorale : Sciences de la Vie et de la Santé
Laboratoire de recherche : Acides nucléiques : Régulations Naturelles et Artificielles
Direction de la thèse : Laurent AZEMA ORCID 0000000270876927
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-05-20T23:59:59

La détection des toxines dans l'alimentation est un enjeu majeur de santé publique. Les outils de détection doivent permettre d'identifier une grande variété de toxines, au plus près des sites de production, et à des seuils correspondants aux doses toxiques.
Les aptamères sont des candidats pour le développement d'outils moléculaires de détection. Ces oligonucléotides sont sélectionnés par une méthode itérative nommée SELEX pour leur capacité à reconnaître une cible donnée. On les considère de façon générale comme des anticorps chimiques, avec quelques avantages notables. La méthode de sélection in-vitro permet de sélectionner des aptamères contre des toxines. Une fois la séquence connue, l'apatmère peut être produit par synthèse chimique, robuste, sans variation de lots et à faible coût. La résistance des oligonucléotides, leur capacité à conserver leur structure tri-dimensionnelle et la possibilité de les modifier de façon précise (greffage, marquage fluorescent, etc...) en font des outils de choix pour le développement de test 'terrains' .
Une catégorie d'aptamère particulière est celle des aptaswitch, spécialité de notre laboratoire. Ces aptamères sont capables, après reconnaissance de leur cible, d'adopter une structure tridimensionnelle capable d'interagir avec une tige-boucle, via un complexe d'embrassement.
Cette deuxième interaction, conditionnelle de la première avec la cible, permet d'envisager un multiplexage, en utilisant la tige-boucle partenaire comme système de transduction du signal.
La thèse proposée consiste ainsi à sélectionner des aptamères dirigés contre plusieurs toxines et de démontrer la possibilité de les détecter simultanément.

Le doctorant rejoindra un laboratoire qui s'intéresse aux régulations naturelle et artificielle des acides nucléiques. Dans ce cadre, l'équipe
aptamère, forte de 25 ans d'expérience dans ce domaine, développe des outils de détection, avec comme point fort l'utilisation de complexes ternaires pour la transduction du signal.
A son arrivée, le doctorant pourra s'appuyer sur les travaux récents de l'équipe, dans le domaine de la sélection fonctionnelle d'aptamères.

Sélection d'aptamères dirigés contre différentes toxines.

Chimie des acides nucléiques/ méthodes biophysiques de mesures d'interaction ligand/cible (fluorescence, SPR, Tm, thermophorèse,
ITC)/ Biologie Moléculaire (PCR, qPCR)/cytométrie/bioinformatique