Thèse Performances Environnementales et Économiques de Systèmes Avicoles Biologiques Utilisant des Souches à Double Fin Conception et Évaluation In Silico de Scénarios Génétiques H/F

Doctorat_Gouv

Établissement : Université de Tours
École doctorale : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV
Laboratoire de recherche : BOA - Biologie des Oiseaux et Aviculture
Direction de la thèse : Sandrine MIGNON ORCID 0000000201420109
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-27T23:59:59

Alors que la demande ne cesse d'augmenter, la filière « oeufs » est confrontée à des enjeux éthiques dont l'élimination des poussins mâles à l'éclosion. Les souches « à double fin », produisant oeufs (femelles) et viande (mâles), sont une alternative peu utilisée en filières conventionnelles, en raison de performances très inférieures à celles de souches spécialisées. Elles représentent en revanche une alternative crédible en élevage biologique, plus extensif. La thèse évaluera les performances environnementales et économiques de systèmes avicoles biologiques utilisant ces souches, et identifiera des marges de progrès grâce au levier génétique. Différents outils in silico (modèles dynamiques, outils d'optimisation, Analyse du Cycle de Vie) seront ainsi mobilisés pour simuler des scénarios génétiques et les évaluer. Les résultats identifieront des compromis réalistes entre performances environnementales et économiques, tout en répondant à des enjeux éthiques.

L'interdiction de l'élimination des poussins mâles en filière ponte a relancé l'intérêt pour les souches avicoles dites « à double fin », permettant la production conjointe d'oeufs (femelles) et de viande (mâles). Si cette stratégie répond à des enjeux éthiques liés au bien-être animal, elle demeure aujourd'hui associée à des performances zootechniques très inférieures à celles des souches spécialisées, sélectionnées pour une finalité unique (Bonnefous et al., 2024 ; Malchow et al., 2022). Il existe en effet un antagonisme génétique entre critères de reproduction et de croissance (Renema et Robinson, 2004).
Ainsi, des travaux récents ont montré que ces écarts de performances zootechniques (efficacité alimentaire, vitesse de croissance, taux de ponte) se traduisent par des coûts de production et des impacts environnementaux plus élevés qu'avec des souches spécialisées (Dubois et Quentin, 2024 ; Quentin et al., 2024). Ces limitations expliquent grandement la diffusion encore limitée des souches à double fin, en particulier dans les systèmes intensifs.
Les systèmes biologiques sont caractérisés par des conditions d'élevage extensives, des niveaux de performance moindres et une prise en compte accrue des attentes sociétales. Dans ces systèmes, les souches à double fin pourraient représenter une alternative perçue positivement par les consommateurs et économiquement viables (Reithmayer et Mußhoff, 2019). Néanmoins, les évaluations disponibles sont très partielles, et ne sont jamais intégrées à l'échelle du système combinant oeufs et viande. Ainsi, la manière dont les compromis entre critères de type « ponte » et « chair » influencent simultanément les performances environnementales et économiques des systèmes biologiques n'est pas décrite.
Dans ce contexte, la thèse repose sur les hypothèses suivantes :
-En agriculture biologique, l'utilisation de souches à double fin est associée à des performances environnementales et économiques inférieures à celles des souches spécialisées, ce qui nécessite de quantifier ces écarts pour identifier des voies de progrès ;
-Utiliser une unité fonctionnelle commune comme le kg de protéines consommables, permet d'agréger les productions d'oeufs et de viande, de faciliter la comparaison des systèmes et d'étudier les effets de compromis entre « ponte » et « chair » (e.g. Letelier et al., 2022) ;
-La mobilisation du levier génétique (choix de souches existantes, amélioration par sélection des caractères « chair » ou « ponte »), permet d'identifier des scénarios d'amélioration des performances environnementales et économiques des systèmes biologiques à double fin.

L'objectif général de la thèse est d'évaluer la double performance environnementale et économique de systèmes avicoles biologiques utilisant des souches à double fin, et d'identifier des voies d'amélioration grâce au levier génétique. Les objectifs spécifiques sont :
-de consolider (viande) et d'adapter (oeufs) un cadre méthodologique intégrant Analyse du Cycle de Vie (ACV) et analyse économique pour les évaluations environnementale et économique de systèmes avicoles biologiques produisant des oeufs et de la viande ;
-de comparer la double performance de systèmes biologiques reposant sur des souches spécialisées ou à double fin, à partir de cas-types représentatifs du contexte français ;
-d'analyser la sensibilité des performances environnementales et économiques aux principaux paramètres zootechniques afin d'étudier les effets de compromis entre critères « ponte » et « chair » ;
-de mobiliser le levier génétique à travers l'évaluation de scénarios pour identifier des trajectoires d'amélioration compatibles avec les systèmes biologiques.

La thèse reposera sur une approche in silico combinant modélisation dynamique des systèmes d'élevage, ACV et calcul des coûts de production. Les cadres méthodologiques et outils déjà disponibles au sein de l'équipe d'accueil pour la production de poulets de chair seront remobilisés et adaptés au contexte de l'agriculture biologique et à la production d'oeufs.
Les évaluations environnementales et économiques seront conduites à l'aide d'une unité fonctionnelle commune (kg de protéines consommables), permettant l'agrégation des productions d'oeufs et de viande et de limiter les problématiques d'allocation des impacts (Letelier et al., 2022). Les données nécessaires au paramétrage des outils seront issues de la littérature scientifique, de bases de données ACV et de l'expertise d'acteurs de la filière.
Le volet génétique s'appuiera dans un premier temps sur une analyse de sensibilité des performances environnementales et économiques aux principaux paramètres zootechniques (taux de ponte, efficacité alimentaire, vitesse de croissance, rendements en viande). Cette étape permettra d'identifier des combinaisons de paramètres plausibles associées à une amélioration de la double performance du système global oeufs-viande. Sur cette base, différents scénarios mobilisant le levier génétique seront évalués, à partir de paramètres génétiques disponibles sur les souches existantes et par simulation de scénarios d'amélioration génétique. Ces scénarios seront conçus à l'aide de données de la littérature et de l'expertise d'acteurs de la sélection avicole. Là encore, une analyse de sensibilité des simulations aux variations de paramètres génétiques sera réalisée afin de s'assurer de la fiabilité des scénarios proposés.
Le projet bénéficiera des compétences complémentaires des encadrants en modélisation des systèmes, évaluation environnementale et génétique quantitative, ainsi que d'un réseau de collaborations académiques et professionnelles.