Thèse Reprogrammer l'Identité des Cellules de Neuroblastome. H/F

Université Claude Bernard Lyon 1

Ce projet vise à mieux comprendre comment des cellules de neuroblastome peuvent être reprogrammées vers un état neuronal moins agressif en caractérisant les modifications transcriptionnelles et épigénétiques sous-jacentes. Le neuroblastome, cancer pédiatrique dérivé de cellules de la crête neurale, conserve une forte plasticité développementale, qui constitue à la fois un moteur de la malignité et une opportunité thérapeutique potentielle.
L'objectif de ce travail est de cartographier la manière dont des combinaisons définies de facteurs de transcription remodèlent les programmes d'expression génique et l'accessibilité de la chromatine dans différents modèles de neuroblastome. En intégrant des données transcriptomiques et épigénomiques à l'échelle unicellulaire, le projet cherchera à identifier les principales modifications associées à la transition d'un état tumoral vers un phénotype de type neuronal, et à contribuer à l'élaboration d'un modèle mécanistique des réseaux de régulation génique impliqués dans ce processus.
Sur le plan expérimental, le projet reposera sur une combinaison de modèles cellulaires in vitro, incluant des lignées cellulaires de neuroblastome et des organoïdes dérivés de patients, afin de prendre en compte l'hétérogénéité tumorale. Des approches de reprogrammation basées sur l'expression de facteurs de transcription seront mises en oeuvre dans ces systèmes, suivies d'analyses moléculaires telles que le séquençage ARN unicellulaire et l'étude de l'accessibilité de la chromatine (par exemple ATAC-seq). Ces données seront complétées par des essais fonctionnels en culture cellulaire permettant d'évaluer les effets sur la prolifération, la différenciation et le comportement cellulaire.
Dans son ensemble, ce travail apportera des connaissances sur les mécanismes moléculaires gouvernant les changements d'identité cellulaire dans le neuroblastome et contribuera à identifier des régulateurs clés pouvant être exploités à terme dans des stratégies thérapeutiques basées sur la différenciation.

L'équipe 'reprogrammation, cellules souches et oncogénèse' décrypte les mécanismes cellulaires et moléculaires qui contrôlent l'identité des cellules dans des contextes développementaux normaux ou pathologiques tels que les cancers pédiatriques.