Alternance Technicien en Microbiologie - Biologie H/F Ifremer

Date de clôture de réception des candidatures : 13 avril 2026

Qui sommes-nous ?

Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, l'Ifremer contribue, par ses travaux et expertises, à la connaissance des océans et de leurs ressources, à la surveillance du milieu marin et littoral et au développement durable des activités maritimes. L'Ifremer est source de connaissances, d'innovation, de données de surveillance et d'expertise pour le monde de la mer, à la fois en matière de politique publique et d'activité socio-économique. Il est la seule structure de ce type en Europe.

Fondé en 1984, l'Ifremer est un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC), placé sous la tutelle conjointe du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, et du ministère de la Transition écologique et solidaire.

Au sein de l'unité Microbiologie, Aliment, Santé, Environnement (MASAE), le Laboratoire Santé, Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche relatives aux micro-organismes pathogènes pour l'homme (essentiellement virus et bactéries) dans le continuum terre-mer jusqu'aux coquillages, afin d'explorer les mécanismes de transfert, persistance, ou émergence au sein de l'environnement littoral (https://lsem.ifremer.fr/).

La recherche effectuée au LSEM, située à l'interface de la santé humaine et de la qualité microbiologique de l'environnement littoral, est originale, innovante et s'appuie sur ses actions de référence (le LSEM est laboratoire national de référence - LNR - pour la microbiologie des coquillages), de connaissance de la qualité sanitaire du littoral (le LSEM coordonne au niveau national le réseau REMI pour la surveillance microbiologique des zones de production de coquillages) et d'expertise auprès des autorités compétentes nationales ou européennes.

Introduction du poste à pourvoir :

En France, la surveillance microbiologique des zones de production de coquillages (REMI - coordonné par l'Ifremer) utilise E. coli comme espèce indicatrice de contamination fécale. Pourtant, des contaminations impliquant d'autres agents pathogènes sont régulièrement signalées, notamment des bactéries et des virus d'origine animale pouvant présenter un risque pour l'Homme.

Parmi eux, on retrouve des genres comme Salmonella, Campylobacter ou Klebsiella, ainsi que de nombreux virus (cf. revue par Desdouits, Reynaud et al., 2023, Microorganisms).

Cette diversité inclut différents pathotypes et des mécanismes variés de virulence et de résistance aux antibiotiques, souvent portés par des éléments génétiques mobiles.

Pour mieux la caractériser, des approches globales comme la métagénomique existent, mais restent coûteuses. Une alternative est la qPCR à haut débit (HT-qPCR), qui permet d'analyser simultanément de nombreux échantillons et cibles, comme le système Biomark et EP1 de Standard BioTools disponible au laboratoire.

Le LSEM a développé une HT-qPCR spécifique pour les virus. Un travail identique est en cours pour les bactéries : un projet tutoré sur 2025/2026 a permis la sélection de centaines de cibles d'intérêt. De premiers essais sur ces cibles auront lieu au premier semestre 2026.

Quelles seront vos missions et activités ?

Votre mission consistera à mener à terme ce développement pour une HT-qPCR applicable à des échantillons d'eaux usées, d'eau de mer et de coquillages.

Votre activité portera sur :

• L'optimisation des protocoles d'extraction d'ADN en fonction des matrices utilisées,
• Le design d'amorces pour affiner la sélection des cibles,
• Les tests en qPCR classique les cibles d'intérêt,
• Le déploiement de la HT-qPCR jusqu'à 96 cibles,
• L'utilisation de cet outil sur des échantillons environnementaux.

Avec qui travaillerez-vous ?

• En interne : vous serez encadré(e) par deux chercheurs du laboratoire.
  Les échanges se feront principalement au sein du LSEM et de l'unité MASAE.
• En externe : collaborations possibles avec certains partenaires des projets de recherche du LSEM.
  

Comment se déroulera votre activité ?

Le taux d'activité sera de 100% lors des présences sur site.
L'essentiel du travail se fera au laboratoire.
Vous serez amené(e) ponctuellement à réaliser des prélèvements dans le département de Loire-Atlantique.