Ingénieur·e en Immunologie H/F

Nantes Université

L'ingénieur-e d'étude recruté-e aura pour mission principale l'isolement et la caractérisation des sous-populations de cellules épithéliales thymiques médullaires (mTEC) à partir d'échantillons de thymus humains, dans le cadre de la constitution d'un atlas de RNA-seq total des mTEC. Il/elle participera également à la caractérisation de la lignée cellulaire mTEC 4D6 avec et sans expression d'AIRE, incluant la préparation de librairies pour le séquençage RNA-seq total et le ribo-seq.

Activités principales

· Isolement des cellules épithéliales thymiques médullaires (mTEC) à partir d'échantillons de thymus humains obtenus en chirurgie cardiaque. Mise en oeuvre de la stratégie d'isolement par digestion mécanique et enzymatique, sélection par billes magnétiques (CD45- EpCAM+) et tri cellulaire FACS (CD205- HLA-DR+). Isolement des sous-populations mTEC high (AIRE+ MHC-II high) et mTEC low à partir d'environ 35 donneurs (105 échantillons au total).

· Préparation des librairies de RNA-seq total à partir des mTEC isolées en utilisant le kit SMARTER stranded total RNA-seq. Culture et transfection de la lignée cellulaire mTEC 4D6 avec un vecteur d'expression AIRE pour générer des cellules 4D6-AIRE+. Préparation d'échantillons pour le séquençage RNA-seq total (short et long reads) et le ribo-seq.

· Analyse par cytométrie en flux (FACS) et immunofluorescence des populations cellulaires isolées. Gestion des réactifs, consommables et matériels nécessaires au projet. Contribution à la rédaction de rapports d'avancement et à la valorisation des résultats (publications, présentations).

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