Thèse Biodiversité et Traits Écologiques des Coléoptères Mycophages des Vignobles H/F

Université de Tours

Établissement : Université de Tours
École doctorale : Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV
Laboratoire de recherche : Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte
Direction de la thèse : Marlène GOUBAULT-BODY ORCID 0000000294527668
Début de la thèse : 2026-06-15
Date limite de candidature : 2026-04-06T23:59:59

Les dépérissements du vignoble, principalement dus à des maladies cryptogamiques occasionnées par des champignons parasites, engendrent de lourdes pertes économiques estimées entre 1 et 2 milliards d'euros sur 10 ans. Ils représentent un enjeu majeur pour la filière viticole française, puisque selon les pathogènes, les viticulteurs sont soit en impasse de traitement chimique ou ont recours à des fongicides, parfois de manière préventive, contribuant à la pression phytosanitaire tout en soulevant des enjeux de résistance et de coûts économique et environnemental.

Les coléoptères mycophages, consommateurs de champignons présents dans les sols ou sur la végétation, représentent un groupe fonctionnel sous-étudié mais dont le rôle dans le fonctionnement écologique des vignobles demeure inconnu. Des résultats préalables, ont mis en évidence une faune importante de ces insectes mycophages dans les vignes du Centre Val-de-Loire. Des analyses moléculaires exploratoires du compartiment interne de quelques individus ont révélé une importante diversité de taxons en champignons. Parmi eux, différents pathogènes de la vigne ont été identifiés, dont des champignons liés aux maladies du bois (e.g. esca, black-rot) et ceux responsables des moisissures de la grappe. Ces premiers résultats suggèrent que ces insectes pourraient jouer un rôle significatif dans les dynamiques microbiologiques, la santé des sols, et l'équilibre écologique des vignobles.

L'objectif de cette thèse sera donc (1) de déterminer la diversité taxonomique des coléoptères mycophages dans les vignobles et la composition de leur alimentation, (2) d'analyser les flux trophiques en laboratoire et (3) d'explorer leurs rôle et fonctions écologiques dans les systèmes viticoles. Pour cela, des campagnes de collecte de ces insectes seront organisées dans le réseau de parcelles DEPHY/BSV de l'Indre et Loire (37), en collaboration avec l'Institut Français du Vin. Puis, leur régime alimentaire sera investigué au laboratoire, par l'analyse de leurs contenus intestinaux via l'utilisation de techniques d'analyses moléculaires à haut débit (metabarcode) et par des méthodes de traçage des flux de matière organique. Ceci permettra de mieux comprendre leurs interactions avec les champignons pathogènes et de définir leur rôle écologique dans les vignes. Le lien avec les pressions en maladie, les pratiques agricoles (travail du sol, mode de production) et les composantes paysagères pourront alors être étudiés.

Dans son ensemble, cette thèse permettra d'explorer si cette diversité de coléoptères mycophages est plutôt négative ou positive pour la santé des vignes. S'agit-il d'inoculum et de vecteurs de maladies ou, au contraire, de régulateurs avec une fonction de bio-indication avant apparition des symptômes des maladies de la vigne ? Les résultats alimenteront des réflexions et des pistes d'études complémentaires afin d'élaborer des outils de gestion dans un enjeu de durabilité des vignobles.

Les dépérissements du vignoble représentent un enjeu majeur pour la filière viticole française, avec près de 4,6hl/ha de pertes selon les données du Plan National Dépérissement du Vignoble (PNDV). Ces dépérissements, dont l'esca est l'une des causes principales, engendrent de lourdes pertes économiques estimées entre 1 et 2 milliards d'euros sur 10 ans, du fait des baisses de rendement, des mortalités de ceps, et des coûts liés à l'arrachage et au replantage.

Face à l'urgence de la situation, il est nécessaire de mieux comprendre les causes multifactorielles des dépérissements de la vigne. Le projet FONGIVIN, dans lequel s'inscrit ce projet de thèse, cible une biodiversité d'insectes encore peu explorée mais potentiellement clé : les coléoptères mycophages. En effet, ces insectes consommateurs de champignons sont susceptibles d'interagir avec les agents pathogènes responsables du dépérissement des vignes et des moisissures. Selon les pathogènes, les viticulteurs sont soit en impasse de traitement chimique ou ont recours à des fongicides, parfois de manière préventive, contribuant à la pression phytosanitaire tout en soulevant des enjeux de résistance et de coûts économique et environnemental.

Le projet FONGIVIN vise à explorer l'hypothèse que la biodiversité en coléoptères mycophages a un impact, négatif ou positif, sur les états sanitaires des vignes. Comprendre leurs interactions avec ces champignons permettrait, à terme, de développer des stratégies de gestion plus durables. En effet, mieux décrire leur diversité taxonomique et leurs traits écologiques conduira à explorer leur rôle positif (e.g. réduire la pression en pathogènes par leur consommation) ou négatif (e.g. en étant vecteur de ces pathogènes). La possibilité de détecter des pathogènes via ces insectes (notion de bioindicateur) avant l'apparition des symptômes pourrait également constituer un moyen d'établir des outils de gestion des risques.

L'objectif de cette thèse sera donc (1) de déterminer la diversité taxonomique des coléoptères mycophages dans les vignobles et la composition de leur alimentation, (2) d'analyser les flux trophiques en laboratoire et (3) d'explorer leurs rôle et fonctions écologiques dans les systèmes viticoles

-Campagnes de piégeage d'insectes dans un réseau de parcelles viticoles définis d'Indre et Loire (37),
-Etude du régime alimentaire des coléoptères mycophages capturés par l'analyse de leurs contenus intestinaux via l'utilisation de techniques d'analyses moléculaires à haut débit (metabarcode) et par des méthodes de traçage des flux de matière organique