Thèse Switch To Survive le Métabolisme de l'Arn Durant la Transition Vers l'État Stationnaire chez les Archées Hyperthermophiles H/F

Doctorat_Gouv

Établissement : Université de Toulouse
École doctorale : BSB - Biologie, Santé, Biotechnologies
Laboratoire de recherche : MCD - Molecular, Cellular and Developmental Biology Unit
Direction de la thèse : Marta KWAPISZ ORCID 0009000899004103
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-07-01T23:59:59

Le passage en phase stationnaire est un mécanisme de survie universel qui protège les cellules microbiennes, y compris les archées, les bactéries et les eucaryotes, du stress et leur permet de s'adapter. En réponse à des agressions extérieures, à savoir la privation de nutriments, ainsi que des facteurs de stress physiques et chimiques, les cellules activent des programmes induits par le stress. Ces programmes aboutissent finalement à des adaptations physiologiques et à des comportements spécifiques de survie à l'état stationnaire, notamment la non-croissance, la différenciation (c'est-à-dire la sporulation) et la formation de biofilms. Comme les écosystèmes naturels n'offrent que sporadiquement des conditions optimales, les populations microbiennes prospèrent dans un état stationnaire pendant la majeure partie de leur vie. Il est donc essentiel de bien comprendre ce processus fondamental. La transition vers la phase stationnaire exige que les cellules reprogramment l'expression de leurs gènes et modifient leur métabolisme. Nous utiliserons comme modèle Thermococcus barophilus, une archée hyperthermophile. T. barophilus est particulièrement pertinent pour l'étude du passage en phase stationnaire car il se développe naturellement dans un écosystème extrême très polyvalent - une cheminée hydrothermale en eaux profondes. Nos données préliminaires suggèrent que le passage de la croissance exponentielle à l'état stationnaire est contrôlé à la fois au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel. L'objectif de ce projet est une caractérisation complète de l'état stationnaire et de la transition stationnaire chez les archées hyperthermophiles. Pour ce faire, les objectifs sont 1) de déterminer une chronologie pour l'établissement de la phase stationnaire, et 2) de caractériser les mécanismes moléculaires qui orchestrent ce changement, et d'identifier les régulateurs centraux et les signaux en jeu. Pour ce faire, nous générerons des données temporelles et multi-omiques (transcriptome, translatome, protéome et métabolome) chez Thermococcus barophilus.

Le passage en phase stationnaire est un mécanisme de survie universel qui protège les cellules microbiennes, y compris les archées, les bactéries et les eucaryotes, du stress et leur permet de s'adapter. En réponse à des agressions extérieures, à savoir la privation de nutriments, ainsi que des facteurs de stress physiques et chimiques, les cellules activent des programmes induits par le stress. Ces programmes aboutissent finalement à des adaptations physiologiques et à des comportements spécifiques de survie à l'état stationnaire, notamment la non-croissance, la différenciation (c'est-à-dire la sporulation) et la formation de biofilms.

1) de déterminer une chronologie pour l'établissement de la phase stationnaire, et 2) de caractériser les mécanismes moléculaires qui orchestrent ce changement, et d'identifier les régulateurs centraux et les signaux en jeu.

Generer, analyser et integrer des données temporelles et multi-omiques (transcriptome RNA-seq, translatome Ribo-seq, protéome et métabolome) chez Thermococcus barophilus.