Thèse Développement d'Une Plateforme Enzymatique Modulaire pour la Conception et la Synthèse In Silico de Peptides Thérapeutiques Novateurs Via le Splicing de Protéines H/F

Doctorat_Gouv

Connaissance des méthodes in silico dédiées à la conception de protéines (proteinMPNN, RFdiffusion, ESM-IF1) et expérience en biochimie, principalement expression et purification de protéines. L'expérience en cristallisation de protéines sera également appréciée mais n'est pas essentielle.

Établissement : Université Grenoble Alpes
École doctorale : CSV- Chimie et Sciences du Vivant
Laboratoire de recherche : Institut de Biologie Structurale
Direction de la thèse : Yvain NICOLET ORCID 0000000241897067
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-09T23:59:59

La montée de la résistance aux antimicrobiens (RAM) est devenue une épidémie lente, alimentée par la surutilisation des antibiotiques, conjuguée à un ralentissement dans la découverte de nouveaux agents antimicrobiens au cours des quatre dernières décennies. Pour faire face à cette crise urgente, il est nécessaire d'adopter une utilisation plus judicieuse des antibiotiques existants, tout en découvrant des médicaments innovants capables de surmonter la résistance des agents pathogènes. Dans ce contexte, l'immense volume de données génomiques générées dans l'ère des omiques a revitalisé l'intérêt pour les produits naturels, qui constituent une source précieuse de composés innovants. Parmi eux, les peptides naturels-aux propriétés chimiques uniques et diversifiées-sont particulièrement attractifs en tant que potentiels antibiotiques, agents anticancer ou inhibiteurs ciblant des processus pathologiques spécifiques.
L'objectif de cette thèse est de développer une plateforme enzymatique innovante, modulaire, permettant la conception et la synthèse in silico de peptides dotés d'une diversité chimique sans précédent. Au coeur de cette approche se trouve l'exploitation d'une réaction chimique unique : le splicing de protéines. Ce processus innovant permet une élimination ou une modification précise de séquences peptidiques spécifiques, offrant une base puissante pour générer des peptides hybrides avec des fonctionnalités sur mesure, y compris des agents thérapeutiques potentiels.
Ce projet intégrera des études structurales et fonctionnelles, la conception de peptides assistée par ordinateur, ainsi que l'ingénierie enzymatique, dans le but d'élargir la diversité chimique et fonctionnelle des molécules peptidiques. Le candidat retenu évoluera dans un environnement de recherche à la pointe de la technologie, doté d'installations de pointe et favorisant les opportunités de collaboration-encourageant ainsi des approches innovantes et des contributions significatives dans le domaine.

L'émergence de la résistance aux antimicrobiens (RAM) est devenue une épidémie lente, alimentée par la surutilisation et le mauvais usage des antibiotiques, ainsi que par une stagnation du développement de nouveaux agents antimicrobiens au cours des quarante dernières années. Répondre à cette crise exige non seulement une utilisation plus judicieuse des antibiotiques existants, mais aussi le développement de médicaments innovants capables de surmonter les agents pathogènes résistants. Dans ce contexte, l'abondance des données génomiques générées à l'ère des omiques a favorisé la résurgence des produits naturels comme source essentielle de nouveaux composés. Parmi ceux-ci, les peptides naturels - avec leurs propriétés chimiques uniques et diverses - ont suscité un intérêt particulier en tant qu'éventuels antibiotiques, agents anticancéreux et inhibiteurs ciblant des processus pathologiques spécifiques. Pour combattre la menace biologique posée par la RAM, nous avons besoin d'une nouvelle génération de molécules. Ce projet vise à développer une plateforme biotechnologique pour la génération de nouveaux antibiotiques aux propriétés chimiques uniques ciblant de nouveaux composants cellulaires chez les bactéries résistantes aux médicaments.