Thèse Caractérisation du Mode de Vie en Biofilms de Faecalibacterium Duncaniae Rôle dans la Résistance aux Stress Intestinaux et la Transmission Interindividuelle H/F

Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health

Établissement : Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health
École doctorale : Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
Laboratoire de recherche : MICALIS- Microbiologie de l'Alimentation au service de la santé humaine
Direction de la thèse : Sandrine AUGER ORCID 0000000279151666
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-03-23T23:59:59

Le microbiote intestinal joue un rôle central dans la santé humaine, notamment dans la régulation immunitaire et le maintien de l'intégrité de la barrière intestinale. Faecalibacterium duncaniae, une bactérie anaérobie stricte dominante du microbiote, possède des propriétés anti-inflammatoires bien établies. Elle est considérée comme un probiotique de prochaine génération. Malgré sa très haute sensibilité à l'oxygène, elle est capable de persister durablement dans l'intestin humain et de résister à des stress oxydants, suggérant l'existence de mécanismes adaptatifs spécifiques.

L'objectif général de cette thèse est donc de caractériser le mode de vie en biofilms de F. duncaniae et d'en élucider les bases moléculaires et fonctionnelles. Pour comparer les états biofilm et planctonique, la thèse combinera le développement de modèles de biofilms in vitro (substrats abiotiques et gel d'agarose), des observations en microscopie confocale à balayage laser, ainsi que des approches omiques (transcriptomique et protéomique). L'étude évaluera également la résistance à différents stress environnementaux, tels que le pH, l'oxygène, les antibiotiques et la température.

Les résultats obtenus fourniront des données inédites sur la formation et la caractérisation moléculaire des biofilms d'une bactérie majeure du microbiote intestinal humain. Ils permettront d'explorer le rôle potentiel des biofilms dans la survie extra-hôte de F. duncaniae et dans sa transmission interindividuelle. Ces données pourraient également contribuer à expliquer la colonisation tardive de cette bactérie chez l'enfant et ouvrir de nouvelles perspectives pour le développement de stratégies probiotiques plus robustes.

Faecalibacterium duncaniae est une bactérie dominante et bénéfique du microbiote intestinal, associée à la santé intestinale et à la modulation immunitaire. Sa colonisation tardive et sa persistance malgré sa sensibilité à l'oxygène suggèrent des mécanismes adaptatifs non encore étudiés. Chez d'autres bactéries, le mode de vie en biofilms favorise la résistance aux stress, la persistance et la transmission. Comprendre le rôle des biofilms chez F. duncaniae est crucial pour élucider sa biologie intestinale, son implantation chez l'enfant et son potentiel probiotique.

-Décrire et caractériser la capacité de F. duncaniae à former des biofilms.
-Identifier les bases moléculaires et fonctionnelles du mode de vie en biofilm via des approches globales de type transcriptomique et protéomique.
-Évaluer le rôle des biofilms dans la résistance aux stress du tractus digestif et extra-hôtes.
-Comprendre les implications écologiques du mode de vie en biofilms sur la colonisation et la transmission interindividuelle.

-Modèles in vitro : substrats abiotiques et microcolonies en gel d'agarose.
-Analyses omiques : RNA-seq et protéomique comparant biofilm et cellules planctoniques.
-Tests de résistance aux stress : pH, oxygène, antibiotiques, température.
-Intégration des données par bioinformatique.