Thèse Caractérisation des Mécanismes Moléculaires de la Réplication des Jingmenvirus H/F

Aix Marseille Université

Établissement : Aix Marseille Université
École doctorale : Recherches Biomédicales
Laboratoire de recherche : UVE - Unité des Virus Emergents
Direction de la thèse : Bruno COUTARD ORCID 0000000228597123
Début de la thèse : 2026-10-01
Date limite de candidature : 2026-04-24T23:59:59

L'objectif de ce projet est de caractériser le rôle de chaque segment génomique des jingmenvirus dans les mécanismes moléculaires viraux. L'étudiant.e utilisera Guaico Culex virus, un jingmenvirus spécifique aux moustiques disponibles dans notre laboratoire. À l'aide de ce modèle, il étudiera le rôle des régions non traduites à différents stades de l'infection, notamment la réplication et la transcription, ainsi que la traduction du cadre de lecture ouvert viral par les cellules hôtes.
Les objectifs spécifiques comprendront (i) l'étude des mécanismes d'intégration de séquences virales rétrotranscrites dans les génomes hôtes, (ii) l'étude des motifs régulateurs liés à la reconnaissance des segments génomiques par l'ARN polymérase ARN-dépendante virale pour la transcription et la réplication, avant la traduction par les cellules hôtes, (iii) l'exploitation de ces mécanismes pour des applications biotechnologiques. En effet, en fonction des progrès réalisés, le projet pourra également inclure la conception et la production de lignées cellulaires stables d'insectes exprimant des protéines homologues ou hétérologues et/ou une plateforme de production de vaccins et d'antigènes.
Le principal défi associé à ce projet est l'absence de connaissances de pointe sur les jingmenvirus ou les virus multipartites animaux. Il sera difficile de comprendre les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la biologie des jingmenvirus sans disposer de références claires sur lesquelles s'appuyer. Nous utiliserons donc les flavivirus ou les virus multipartites de plantes comme références de substitution et tenterons de répondre aux questions suivantes : les jingmenvirus sont-ils effectivement des flavivirus ? Dans quelle proportion partagent-ils des mécanismes de biologie moléculaire ? Quels mécanismes ont-ils empruntés aux virus multipartites de plantes ?
Le projet combinera des approches de virologie, de biologie moléculaire et de biologie cellulaire, notamment des tests viraux basés sur des cellules, la cinétique de croissance virale, la purification des virus, la génétique inverse, la microscopie à immunofluorescence, la RTqPCR, la qPCR et les transfections. L'étudiant acquerra une expérience pratique des virus à ARN, expérimentera toute une gamme de techniques de biologie moléculaire et mènera des études mécanistiques à l'interface de la virologie et de la biologie moléculaire.

Les jingmenvirus sont des arbovirus apparentés aux flavivirus, dont le génome est segmenté et composé d'ARN simple brin de polarité positive. Ils sont organisés de manière multipartite : tous les segments ne sont pas encapsidés dans une seule particule et plusieurs particules sont nécessaires à une infection productive. Les virus multipartites sont très communs et bien décrits chez les plantes mais sont extrêmement rares et peu caractérisés chez les animaux. Les jingmenvirus ont été détectés dans le monde entier dans des arthropodes (tiques, moustiques...), des vertébrés (dont des humains avec des symptômes de maladies fébriles et des bovins) et dans l'environnement. Malgré leur fort potentiel pour émerger en tant que pathogène causant des épidémies, les jingmenvirus sont sous-étudiés et les mécanismes moléculaires régissant leur biologie unique sont inconnus. Notre laboratoire s'intéresse à l'élucidation de ces mécanismes, et en particulier, au rôle joué par les régions non traduites de chacun des segments dans cette biologie si particulière.