Postdoctorant - Evolution de Communautés Microbiennes en Conditions Anaérobies H/F

Ecole supérieure de physique et de chimie industrielles de la Ville de Paris

La composition d'un microbiote est reliée fortement à la nature et au fonctionnement de son hôte. Toutefois, les processus qui fixent l'abondance relative des espèces sont très mal compris aujourd'hui.

Des expériences récentes montrent la possibilité de construire des consortiums simplifiées de microorganismes, par une approche évolutive (Goldford et al, Science 2018). Ces résultats ouvrent la voie à l'étude des communautés bactériennes en laboratoire, bien qu'ils restent difficiles à mettre en oeuvre. C'est pourquoi nous avons développé une approche haut-débit de millifluidique digitale, qui consiste à utiliser des gouttes de taille millimétrique (20µL) comme bioréacteurs pour compartimenter et paralléliser la culture, la manipulation, l'analyse de plusieurs centaines de consortiums microbiens, et diriger leur évolution de manière automatisée.

Toutefois, ces travaux sont actuellement réalisés en conditions aérobies, ce qui limite fortement leur intérêt pour l'étude des microbiotes humains ou de consortiums d'intérêt industriel. Le but de ce contrat sera de mettre en place et d'effectuer des expériences d'évolution de consortium en condition anaérobie.

Ce projet se fera en lien avec la start-up Revobiom, issue du laboratoire (https://revobiom.com/), et qui ambitionne d'apporter de nouvelles solutions naturelles basées sur des communautés microbiennes, pour fermenter les aliments de demain, remplacer les pesticides et les engrais chimiques, augmenter le rendement de production des biocarburants.