Ingénieur·e Biologiste en Traitement de Données - Plateforme Icep H/F

Aix Marseille Université

Au sein de la plateforme d'histopathologie expérimentale ICEP (AMU, labellisée Ibisa) située à l'IPC et rattachée au CRCM, vous assurez le traitement et la valorisation des données générées en imagerie fluorescente multiplex et transcriptomique spatiale, en interface avec les équipes de biologie, de clinique et de bio-informatique.

Vos missions principales :

- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil, structuration et contrôle qualité des données (imagerie fluorescente multiplex, Visium SD/HD, Xenium)
- Réaliser la mise en forme et le pré-traitement des données : segmentation cellulaire/tissulaire, analyses non supervisées, clustering, préparation des jeux de données pour analyses approfondies par les porteurs de projet
- Produire et diffuser les résultats sous forme de rapports techniques ou d'études dans des formats lisibles et reproductibles (rapports HTML, visualisations interactives)
- Adapter et développer les outils informatiques et algorithmiques en fonction des besoins des projets, en lien étroit avec la plateforme de bioinformatique du CRCM
- Conseiller, former et accompagner les membres de la plateforme et les utilisateurs sur les workflows de traitement de données et assurer le transfert des données vers la bioinformatique
- Définir et suivre les procédures qualité : assurance qualité, reproductibilité des analyses, documentation des pipelines
- Contribuer aux activités expérimentales en imagerie fluorescente multiplex et transcriptomique spatiale, en support aux projets
- Veiller au respect des règles de déontologie, d'éthique, de pratiques cliniques et du RGPD (pseudo-anonymisation, gestion sécurisée des données)
- Assurer une veille scientifique et technologique sur les méthodes d'analyse d'images, de transcriptomique spatiale et les outils algorithmiques associés
- Interagir avec les différents acteurs (porteurs de projet, biologistes, cliniciens, bio-informaticiens) et participer aux réunions de projet pour aligner technologie et questions biologiques