Chercheur Postdoctoral Analyse Bioinformatique des Fonctions les Lncrna dans les Plantes H/F

CNRS

Implémentation et utilisation de méthodes d'analyse de données RNA-seq et RIP-seq pour étudier les fonctions des lncRNA de plantes.

Activités
- Mettre en place des pipelines d'analyse de données NGS (RNA-seq et RIP-seq)
- Comparer des données transcriptome/RIP-seq inter-espèces
- Analyser les résultats en termes de fonctions évolutivement conservées
- Assurer le respect des principes FAIR des procédures informatiques
Compétences
- Connaissances en biologie des ARN de niveau doctoral indispensables
- Outils et concepts bioinformatiques d'analyse NGS (genome/transcriptome/interactome)
- Maîtrise des langages Python et R
- Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow
- Bonnes pratiques de bioinformatique
- Anglais niveau B1
- Sens du relationnel et de la communication
- Curiosité, dynamisme,
- Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.
Contexte de travail

Dans le cadre d'un projet financé par l'ANR avec l'Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2), nous étudions les fonctions des lncRNA végétaux au niveau moléculaire (role dans l'épissage, fixation aux protéines) et biologique (role dans la resistance à la sécheresse). A cette fin, nous disposerons de données RIP-seq pour plusieurs lncARN et RNA-seq, ceci pour 10 espèces de plantes. Nous utiliserons des méthodes bioinformatiques conventionnelles, mais également des méthodes par k-mers pour étudier la conservation de motifs de reconnaissances dans des régions globalement non conservées.

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé dans un cadre agréable à 25km de Paris (Gif sur Yvette). Notre équipe (Biologie computationnelle des génomes) fait partie du département de Biologie des Génomes. L'environnement bioinformatique local est très riche: forum de discussion, séminaires et formations en bioinformatique, plateforme bioinformatique et centre de calcul de haute performance.
Dans le cadre d'un projet financé par l'ANR avec l'Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2), nous étudions les fonctions des lncRNA végétaux au niveau moléculaire (role dans l'épissage, fixation aux protéines) et biologique (role dans la resistance à la sécheresse). A cette fin, nous disposerons de données RIP-seq pour plusieurs lncARN et RNA-seq, ceci pour 10 espèces de plantes. Nous utiliserons des méthodes bioinformatiques conventionnelles, mais également des méthodes par k-mers pour étudier la conservation de motifs de reconnaissances dans des régions globalement non conservées.

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé dans un cadre agréable à 25km de Paris (Gif sur Yvette). Notre équipe (Biologie computationnelle des génomes) fait partie du département de Biologie des Génomes. L'environnement bioinformatique local est très riche: forum de discussion, séminaires et formations en bioinformatique, plateforme bioinformatique et centre de calcul de haute performance.

Contraintes et risques

Travail sur poste informatique
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