Postdoc Junior en Biologie Marine et Ingéniérie Génétique H/F

CNRS

Un CDD de 12 mois de chercheur/chercheuse postdoctorant junior (expérience de moins de 2 ans après thèse) est ouvert à l'Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement de Nice (IRCAN, Université Côte D'Azur, Nice, France). Ce CDD est financé par la Fondation Gordon and Betty Moore dans la cadre du Symbiosis Model Systems Solicitation (grant #9322).
Le principal objectif des missions envisagées dans le cadre de ce recrutement est de développer et/ou de valider différentes approches de génie génétique (allant de la transfection au genome éditing) au sein de cultures de Symbiodiniacées tempérées.
La symbiose Cnidaire-Dinoflagellés représente l'une des symbioses marines les plus importantes en milieu marin entre un métazoaire et un eucaryote unicellulaire (dinoflagellé de la famille des Symbiodiniaceae). Cette association est très répandue dans les écosystèmes côtiers tempérés et subtropicaux : elle est le fondement même de l'écosystème de récifs coralliens hautement productif et diversifié. À l'intérieur du cytoplasme de certaines cellules gastrodermales de l'hôte, le symbiote déclenche une communication complexe avec les cellules animales hôtes, entraînant de profonds changements physiologiques. Bien que cette symbiose marine soit étudiée depuis plusieurs décennies, la signalisation moléculaire entre les deux partenaires et les propriétés de compétence de symbiose de la cellule animale restent irrésolues en raison de l'absence d'un modèle fiable pour les approches cellulaires et fonctionnelles. L'ambition de ce projet est donc de développer des stratégies d'ingénierie génétique (transfection/transformation et édition de génome) pour déchiffrer les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'attraction et à la reconnaissance entre les partenaires de la symbiose.
L'établissement de modèles de culture de microalgues tout au long de ces dernières années a permis des avancées tant sur le plan fondamental qu'appliqué. Le développement récent d'outils génétiques permettant la modification ciblée du génome de microalgues en culture (diatomées) constitue une formidable opportunité d'élargir les connaissances et les outils d'édition génomique chez d'autres espèces de microalgues. Aujourd'hui il existe encore un nombre restreint de cultures de Symbiodiniacées symbiotiques et notre groupe est l'un des rares à avoir en culture, les 2 symbiotes d'un même hôte animal.
Le travail de la chercheuse/du chercheur postdoctorant se développera dans le cadre du projet financé par la Fondation Gordon and Betty Moore, sous la supervision directe du Pr. Furla et du Dr Barnay-Verdier à Nice (IRCAN), et des Dr Fayza Daboussi et Magali Siaut, à Toulouse (TWB).
Activités
Les principaux défis, que devra relever la chercheuse/du chercheur postdoctorant, reposent sur la mise en place et l'adaptation de techniques de génie génétique sur ces espèces de microlagues. Ainsi un certain nombre il faudra pouvoir déterminer les conditions de culture optimales (milieux de culture, intensité lumineuse, températures) et la faisabilité du transfert de protocoles existants sur ces espèces de microalgues.
Descriptif des missions :
- Culture et maintien de souches de Symbiodiniacées
- Analyses de la viabilité et de la croissance cellulaires
- Mise au point de différents milieux de cultures
- Développement de protocole de transfection/genome editing
- Extraction ADN-ARN et analyses moléculaires (PCR, RT-qPCR)
- Mesure et analyse de l'activité photosynthétique

Compétences
La candidate/le candidat sélectionné devra maîtriser de solides connaissances sur la symbiose Cnidaire-Dinoflagellés et plus particulièrement sur la physiologie des Symbiodiniacées tempérées. Une expérience acquise dans la culture de microalgues sera un avantage sérieux. Le niveau de rémunération correspondant à un postdoctorant junior (expérience de moins de 2 ans), le poste n'est ouvert qu'aux candidates/candidats ayant soutenu leur thèse moins de deux ans avant la prise de poste prévue en mars 2026.
Contexte de travail

Notre groupe de recherche « Symbiose Marine » (IRCAN, Nice) utilise comme modèle d'étude des organismes marins, les Cnidaires symbiotiques. Une de nos thématiques principales est donc de comprendre les bases cellulaires, moléculaires de l'établissement de la symbiose Cnidaire-Dinoflagellés grâce à un modèle d'étude, l'holobionte Anemonia viridis (une anémone de mer tempérée), pour lequel nous avons développé des cultures cellulaires des deux partenaires de la symbiose (animal et symbiotes).
Dans le cadre du projet de recherche financé par la Fondation Gordon et Betty Moore, la chercheuse/le chercheur postdoctorant travaillera également avec les responsables de cet axe du projet au sein de la structure TWB (Toulouse). Les Dr Daboussi et Siaut ont une longue expérience dans le développement d'outils moléculaires (ddPCR, vecteurs Gateway, clonage In Fusion) et de méthodes d'édition de génome (TALEN, CRISPR Cas9 sous forme RNP) dans la diatomée pennée Phaeodactylum tricornutum, modèle d'étude et souche produite à l'échelle industrielle Ces méthodologies ont été adaptées avec succès à plusieurs organismes (macroalgues, microalgues).
Notre groupe de recherche « Symbiose Marine » (IRCAN, Nice) utilise comme modèle d'étude des organismes marins, les Cnidaires symbiotiques. Une de nos thématiques principales est donc de comprendre les bases cellulaires, moléculaires de l'établissement de la symbiose Cnidaire-Dinoflagellés grâce à un modèle d'étude, l'holobionte Anemonia viridis (une anémone de mer tempérée), pour lequel nous avons développé des cultures cellulaires des deux partenaires de la symbiose (animal et symbiotes).
Dans le cadre du projet de recherche financé par la Fondation Gordon et Betty Moore, la chercheuse/le chercheur postdoctorant travaillera également avec les responsables de cet axe du projet au sein de la structure TWB (Toulouse). Les Dr Daboussi et Siaut ont une longue expérience dans le développement d'outils moléculaires (ddPCR, vecteurs Gateway, clonage In Fusion) et de méthodes d'édition de génome (TALEN, CRISPR Cas9 sous forme RNP) dans la diatomée pennée Phaeodactylum tricornutum, modèle d'étude et souche produite à l'échelle industrielle Ces méthodologies ont été adaptées avec succès à plusieurs organismes (macroalgues, microalgues).
Contraintes et risques

Les activités de recherche proposées dans le cadre de ce recrutement se dérouleront au sein de 2 structures de recherche, l'IRCAN à Nice et TWB à Toulouse. Une mobilité due aux déplacements est donc à prévoir.
Les activités de recherche proposées dans le cadre de ce recrutement se dérouleront au sein de 2 structures de recherche, l'IRCAN à Nice et TWB à Toulouse. Une mobilité due aux déplacements est donc à prévoir.