CDD Technicien de Laboratoire 91 - H/F Arvalis

Sujet

Le phénotypage du compartiment racinaire est complexe et difficile à mettre en oeuvre. Pourtant, de nombreuses questions scientifiques autour de l'alimentation des cultures en eau et éléments nutritifs pourraient en bénéficier afin de limiter les contraintes de stress abiotiques. Des méthodes de phénotypage au champ existent telles que la description du chevelu racinaire à la suite d'un prélèvement à la bêche (« shovelomic), l'analyse des racines dans des carottes de sol (« soil coring ») ou bien un suivi de la croissance racinaire par imagerie (« minirhizotrons ») mais ces méthodes restent coûteuses et difficiles à mettre en oeuvre sur un grand nombre de parcelles simultanément. L'objectif de ce projet est d'internaliser une méthode de phénotypage basée sur l'analyse par PCR quantitative déjà publiée sur blé tendre. Elle consiste à quantifier par PCR l'ADN de l'espèce ciblée présent dans un échantillon de sol. Il est ensuite possible de relier la concentration en ADN de l'échantillon à la biomasse racinaire à partir d'une gamme de calibration réalisée en laboratoire. Cette méthode a l'avantage de ne pas nécessiter de lavage de l'échantillon (contrairement à la shovelomic ou au soil coring) et d'être très sensible et spécifique à l'espèce étudiée. Le projet aura trois principaux objectifs : 1) internaliser la méthode développée sur blé tendre, 2) l'étendre à d'autres espèces (blé dur, orge, lin), 3) réaliser une comparaison en conditions agronomiques avec la méthode de référence (« soil coring »). L'internalisation de cette méthode pourrait permettre de faciliter les travaux portant sur l'évaluation de la plasticité phénotypique du système racinaire en réponse aux stress ou à l'utilisation de produits biostimulants.

Objectif du travail

Les principaux objectifs sont :

- Tester les amorces pour des gènes cibles
- Evaluer le nombre de copies de gènes ITS2 dans un panel de variétés françaises
- Etablir des courbes de calibration en PCR quantitative / PCR digitale
- Optimiser les process de laboratoire (extraction d'ADN, amplification PCR)
- Analyser des échantillons issus d'un essai en conditions agronomiques

Méthodes envisagées

- Broyage d'échantillons de sol
- Extraction d'ADN
- PCR quantitative
- PCR digitale
- Analyse de données

Profil requis

- Niveau BTS, licence ou master avec une expérience en biologie moléculaire