Ingenieur d'Etudes en Analyse d'Image H/F

CNRS

Dans le cadre du project ScalingRules (ANR Chaird'Excellence France 2030), le laboratoire du Dr Basto recrute un/une IE en analyse dI'image a temps plein pour contribuer aux recherches du labo qui vise a comprendre comment les cellules polyploides regulent leur taille optimalle en assurant leur function. Cela, s'inscrit dans le projet globale du laboratoire visant a etudier les transitions de ploidie, cycle cellulaire et mantiens de stabilite genetique. Ce poste est idéal pour une personne ayant une formation en analyse quantitative d'images et une expérience de l'utilisation de Python, à la fois avec des techniques classiques de traitement d'images (seuillage, filtres, etc.) et des frameworks d'apprentissage profond.
Activités
-Analyser des images biomédicales issues de différentes plateformes de microscopie (par exemple : confocale, light-sheet, fluorescence, microscopie électronique).
- Développer et appliquer des pipelines de traitement d'images en Python (par exemple à l'aide de bibliothèques telles que NumPy, SciPy, OpenCV, scikit-image et TensorFlow/PyTorch).
- Automatiser les tâches de segmentation, de quantification et de classification à l'aide de techniques d'apprentissage automatique et d'apprentissage profond.
- Collaborer avec des biologistes et des cliniciens afin d'interpréter les données d'imagerie et de soutenir des recherches guidées par des hypothèses.
- Maintenir des flux de travail d'analyse reproductibles à l'aide de systèmes de contrôle de version (par exemple Git) et de notebooks Jupyter.
- Aider à la préparation des données pour les publications et les présentations.

Compétences
- Diplôme en en informatique, en physique, en bioinformatique ou dans un domaine similair
- Maîtrise de Python et expérience avec des bibliothèques d'analyse d'images (par exemple OpenCV, scikit-image, Pillow ou équivalent).
- Une bonne connaissance des frameworks d'apprentissage automatique (SVM, forêts aléatoires).
- Capacité à travailler de manière autonome et collaborative dans un environnement de recherche multidisciplinaire.
- Excellentes compétences en communication et sens du détail.
- Capacité à acquérir de nouvelles compétences techniques spécifiques aux projets de recherche
- Capacité à gérer et archiver les données produites conformément aux règles et outils du laboratoire
- Maîtrise de l'anglais scientifique de niveau B2 (écrit et parlé)
- Capacité à organiser et prioriser les tâches
- Capacité à suivre des pratiques de recherche éthiques, y compris dans les interactions liées au travail avec des collègues

Contexte de travail

Ce travail peut prévoir des déplacements en mission dans le cadre d'un temps horaire définit par le contrat de travail (quotité à 100%) et peut nécessiter une habilitation à un temps de travail avec une autorisation hors heures ouvrées.
Ce travail peut prévoir des déplacements en mission dans le cadre d'un temps horaire définit par le contrat de travail (quotité à 100%) et peut nécessiter une habilitation à un temps de travail avec une autorisation hors heures ouvrées.
Contraintes et risques

Nécessité de maîtriser des outils complexes (algorithmes de vision par ordinateur, apprentissage automatique, deep learning, bibliothèques spécialisées comme OpenCV, PyTorch, etc..
Posture sédentaire et exposition prolongée aux écrans et donc fatigue visuel.
Nécessité de maîtriser des outils complexes (algorithmes de vision par ordinateur, apprentissage automatique, deep learning, bibliothèques spécialisées comme OpenCV, PyTorch, etc..
Posture sédentaire et exposition prolongée aux écrans et donc fatigue visuel.