Assistant Ingénieur en Microbiologie Environnementale et Moléculaire H/F

CNRS

L'approche One Health est reconnue comme la méthode la plus pertinente pour étudier la dissémination de l'antibiorésistance qui atteint des niveaux très préoccupants. L'offre d'emploi proposée s'inscrit dans le projet AntiobioOne, financé par l'Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), dont le but est d'étudier le devenir de l'antibiorésistance et les communautés microbiennes dans une zone humide artificielle de grande taille recevant les eaux usées traitées d'une grande agglomération française et chez la faune sauvage y résidant. Le LCPME travaille sur ce site depuis quelques années avec plusieurs partenaires des domaines médical, vétérinaire ou scientifique.
La personne recrutée rejoindra l'équipe de Microbiologie Environnementale (MIC) du LCPME pour tout d'abord rechercher, dans les eaux et les fèces d'animaux sauvages collectées, la présence de gènes d'antibiorésistance et d'éléments génétiques mobiles vecteurs d'antibiorésistance en collaboration avec les partenaires du projet. Ces données seront comparées à celles obtenues avec des échantillons collectés dans une zone naturelle protégée à proximité du site d'étude. La personne recrutée sera également impliquée dans des expériences menées au LCPME avec des bioréacteurs permettant d'étudier plusieurs mécanismes de transferts horizontaux d'éléments génétiques mobiles vecteurs d'antibiorésistance par des méthodes de biologie moléculaire.
Activités
Activités principales :
- Participation aux campagnes de terrain mensuelles pour collecter les échantillons d'eaux et de fèces
- Extraction d'ADN de communautés microbiennes environnementales (bactéries, phages et ADN dissouts)
- Expérimentation en bioréacteurs pour le suivi de transferts horizontaux d'éléments génétiques mobiles
- Séquençage par approche long-read et analyse bio-informatique des séquences obtenues
- Envois réguliers d'échantillons ou d'extraits d'ADN aux partenaires du projet
- Enregistrement et présentation des résultats, réalisation de rapports

Activités complémentaires :
- Appliquer les règles d'hygiène et de sécurité correspondantes aux situations de travail
- Gérer et organiser les stocks de matériel du laboratoire (inventaire, préparation des commandes, rangement) liés au projet
Compétences
Connaissances :
- Microbiologie (notions avancées)
- Biologie moléculaire (notions avancées, notamment en PCR quantitative et/ou digitale)
- Bio-informatique (notions avancées, notamment en analyse de métagénomes)
- Informatique et acquisition de données expérimentales (notions de base)

Compétences opérationnelles :
- Rigueur scientifique
- Appliquer des techniques de microbiologie et biologie moléculaire (travail sous PSM, réalisation de PCR ...)
- Suivre un mode opératoire (préparation d'échantillons, maintenance d'équipements, ....)
- Prévoir les besoins en produits et matériel
- Appliquer les règles d'hygiène et de sécurité en laboratoire L2
- Utiliser, régler des instruments simples de laboratoire

Compétences relationnelles :
- Sens de l'organisation
- Réactivité
- Autonomie
- Communication
Contexte de travail

La personne retenue sera affectée au Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME, UMR 7564 UL-CNRS) qui regroupe environ 80 personnes distribuées dans trois équipes de physico-chimie (spectroscopies et électrochimie) et microbiologie (bactériologie et virologie). La personne recrutée intègrera l'équipe de Microbiologie Environnementale (MIC) sur sa thématique " dissémination d'éléments génétiques mobiles (vecteurs d'antibiorésistance) d'origine anthropique dans l'environnement" sous la direction de Xavier Bellanger (Maître de Conférences HDR). La personne sera formée aux gestes spécifiques par un doctorant de l'équipe. Le projet auquel la personne recrutée sera affectée se déroulera dans le contexte d'une collaboration regroupant 4 partenaires académiques localisés sur Nancy, Reims, Maisons-Alfort et Lyon.
La personne retenue sera affectée au Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME, UMR 7564 UL-CNRS) qui regroupe environ 80 personnes distribuées dans trois équipes de physico-chimie (spectroscopies et électrochimie) et microbiologie (bactériologie et virologie). La personne recrutée intègrera l'équipe de Microbiologie Environnementale (MIC) sur sa thématique " dissémination d'éléments génétiques mobiles (vecteurs d'antibiorésistance) d'origine anthropique dans l'environnement" sous la direction de Xavier Bellanger (Maître de Conférences HDR). La personne sera formée aux gestes spécifiques par un doctorant de l'équipe. Le projet auquel la personne recrutée sera affectée se déroulera dans le contexte d'une collaboration regroupant 4 partenaires académiques localisés sur Nancy, Reims, Maisons-Alfort et Lyon.
Contraintes et risques

Sorties mensuelles sur le terrain d'1 jour ou 2 (par 2 personnes au minimum à chaque fois)
Sorties mensuelles sur le terrain d'1 jour ou 2 (par 2 personnes au minimum à chaque fois)