Ingénieur en Bio-Informatique H/F Ifremer

Date de clôture des candidatures 05/12/2025

Qui sommes nous ?

Au sein de l'Ifremer, Le département IRSI est en charge des systèmes d'information - de gestion et de recherche - de l'Ifremer. A ce titre, il assure des services et réalise des projets dans le but de développer, programmer et renouveler l'ensemble des ressources informatiques, matérielles et logicielles, nécessaires :

- au fonctionnement général de l'Institut, à sa communication, interne et externe, et à la sécurité de ses systèmes d'information ;
- à la mise en oeuvre des infrastructures de recherche dont l'Institut a la responsabilité ;
- à la gestion des données et informations scientifiques que l'Institut acquiert, rassemble, analyse ou diffuse en tant qu'institut national de référence en sciences et technologies marines.

Au sein du département IRSI, le SeBiMER est le service de bioinformatique de l'Ifremer, créé en 2019. Le SeBiMER accompagne les équipes de recherche de l'Ifremer dans leurs projets bioinformatiques, de la définition des questions scientifiques à la valorisation des résultats. Ses expertises couvrent notamment le métabarcoding, la métagénomique, la transcriptomique, l'assemblage et l'annotation de génomes. Le SeBiMER développe et maintient des workflows et outils bioinformatiques, administre la plateforme Galaxy de l'institut, et assure la gestion et la bancarisation des données bioinformatiques. Il propose également des formations, de l'assistance et un accompagnement scientifique aux utilisateur·ices de l'Institut.

Quelle sera votre mission ?

Placé sous la responsabilité du chef du service de bio-informatique (SeBiMER), vous viendrez renforcer l'équipe actuellement en place.

En lien avec les équipes de biologistes des sites Ifremer recourant aux services du SeBiMER, vous aurez pour missions principales :

- Contribuer à l'optimisation du protocole interne de gestion de données bioinformatiques egide-athENA' conçu par SeBiMER (développé en Python et Nextflow) ;
- Participer à la gestion FAIR des données bioinformatiques de l'institut ;
- Participer au support bioinformatique général.

Quelles seront vos activités ?

- Développement logiciel sur egide, programme Python développé par le SeBiMER qui permet de créer et pré-remplir des templates de métadonnées associées à des jeux de données de séquençage des équipes de l'institut, selon les standards de l'ENA (European Nucleotide Archive https://www.ebi.ac.uk/ena/) : résolutions de bugs, implémentation de nouvelles fonctionnalités.
- Développement logiciel sur athENA, pipeline Nextflow développé par le SeBiMER qui permet de valider des fichiers de métadonnées (European Nucleotide Archive : https://www.ebi.ac.uk/ena/ et de les publier à l'ENA : résolutions de bugs, implémentation de nouvelles fonctionnalités.
- Participation à la gestion FAIR des données bioinformatiques de l'institut : téléchargement depuis les serveurs des prestataires de séquençage, mise en place des données sur le stockage de DATARMOR, collecte des metadonnées athENA (standard EBI-ENA), validation des metadonnées et soumission à l'ENA, suivi sur athENA-manager (plateforme interne de suivi de projets de gestion de données).
- Accompagnement des équipes de recherche de l'institut dans l'utilisation des ressources bioinformatiques :
- En participant au support technique général,
- En participant à la rédaction de documentation.

Avec qui serez-vous en interaction ?

- En interne :
- Membres du SeBiMER, du service IRSI/RIC gérant les ressources de calcul et de stockage du Pôle de Calcul et de Données pour la Mer et du service IRSI/SISMER gérant le centre de donnée marines d'Ifremer ;
- Unités Ifremer de recherche utilisatrices des outils d'analyse « omiques ».
- En externe :
- Plateformes bio-informatiques françaises ;
- Scientifiques des UMRs qui collaborent avec l'Ifremer.