CDD Chercheur en Modélisation Moléculaire - Collaboration Industrielle H/F CNRS

Ce CDD s'inscrit dans le cadre du laboratoire commun BioDLab entre la société Michelin et l'Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), qui a pour objet d'étudier la dégradation abiotique et biotique de matériaux élastomères du pneu. En effet, au cours de la vie d'un pneu, le matériau de la bande de roulement va subir différentes sollicitations induites principalement par le frottement avec la chaussée pour assurer son adhérence, qui vont conduire à la formation de particules d'usure. Ces particules de caoutchouc, qui se retrouvent dans l'air, les sols et les milieux aquatiques, peuvent constituer une source de pollution majeure et il est donc important de comprendre leur devenir dans l'environnement.
Le(a) post-doctorant(e) travaillera dans le WP Biodégradation enzymatique de BioDLab sur une famille d'enzymes connue pour dégrader le caoutchouc naturel (polyisoprène-1,4-cis) et cherchera à comprendre leur mécanisme d'action en lien avec les résultats expérimentaux obtenus.Le(a) post-doctorant(e) aura pour mission de caractériser un modèle d'interaction enzyme/substrat, qui soit réactif et permette d'expliquer les résultats expérimentaux observés. Il mènera à bien des études par modélisation moléculaire à différents degrés de précision :
- par champ de force (MM) pour les modèles d'interaction entre l'enzyme ciblée et différents substrats ;
- par méthode Mixte Quantique/Classique (QMMM) pour l'étude du chemin réactionnel issu du/des modèle(s) d'interaction.

Il/Elle sera en charge de la conception et de la réalisation d'un protocole d'étude sur un cas connu qui sera ensuite appliquer à de nouvelles enzymes issues des résultats de recherche expérimentale.

Activités
- Mettre en place et développer des protocoles de dynamique moléculaire pour l'étude d'une famille d'enzymes.
- Mettre en place et développer des méthodes QM/MM pour l'étude de la réactivité des enzymes cibles.
- Prendre une part active à la réflexion sur l'évolution du sujet.
- Participer à des groupes de travail en interne et en externe relatifs au domaine de l'activité.
- Présenter les avancées de son travail dans des réunions mensuelles de BioDLab.

Compétences
Nous recherchons un(e) spécialiste des interactions ligand protéine, possédant une expérience confirmée des méthodes de dynamique moléculaire ainsi que de méthodes QM/MM et de la programmation en Python.
Contexte de travail

Le(a) post-doctorant(e) travaillera au sein de l'Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (UMR CNRS 6296) sur le Campus des Cézeaux. Le laboratoire se compose de ~300 personnes dont un gros tiers de permanents et s'organise autour de 6 équipes couvrant les différentes disciplines de la chimie (organique et médicinale, bio-organique, inorganique et physique). Il/Elle sera intégré(e) plus particulièrement au service de modélisation moléculaire de l'ICCF. Pour en savoir plus sur les personnels, les techniques et les savoir-faire du service de modélisation, le(a) candidat(e) peut visiter le site du service de modélisation de l'ICCF :https://iccf.uca.fr/version-francaise/services/bio-organique/modelisation-moleculaire#/admin
Le(a) post-doctorant(e) travaillera au sein de l'Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (UMR CNRS 6296) sur le Campus des Cézeaux. Le laboratoire se compose de ~300 personnes dont un gros tiers de permanents et s'organise autour de 6 équipes couvrant les différentes disciplines de la chimie (organique et médicinale, bio-organique, inorganique et physique). Il/Elle sera intégré(e) plus particulièrement au service de modélisation moléculaire de l'ICCF. Pour en savoir plus sur les personnels, les techniques et les savoir-faire du service de modélisation, le(a) candidat(e) peut visiter le site du service de modélisation de l'ICCF :https://iccf.uca.fr/version-francaise/services/bio-organique/modelisation-moleculaire#/admin