Chercheur Post-Doctoral en Génomique des Populations d'Arbres H/F

Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche

Votre mission s'insère dans l'axe de recherche PERFITPerennial woody plant fitness in a changing world: making use of genomic resources to increase productivity and resilience.

Votre travail consistera à évaluer la diversité génomique et le fardeau génétique à partir de données génomiques disponibles pour diverses espèces ligneuses. Pour cela, vous utiliserez les pipelines disponibles de la phase 1 du projet et vous appliquerez des méthodes basées sur l'apprentissage automatique, en tenant compte des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) et des variations structurelles (SV).

Vous constituerez une base de données de variants interrogeables pour la mise en place de la sélection assistée par la génomique d'allèles favorables et défavorables à l'amélioration des espèces ligneuses, pérennes.

# Plantes ligneuses domestiquées

Vous réalisez une annotation fonctionnelle des SNP et des SV chez l'amandier (Prunus dulcis Batsch et espèces apparentées) et le cerisier (Prunus avium L.), au travers de la construction depangénomes qui fournira des informations sur leur impact sur les régions codantes des gènes, les éléments régulateurs et le dosage génétique
Vous effectuez des prédictions des mutations délétères à l'aide de méthodes basées sur la conservation évolutive et l'apprentissage automatique
Vous évaluez l'impact de la domestication et de la sélection sur le fardeau génétique et l'architecture génomique à l'aide d'une approche de génomique comparative, en confrontant les résultats obtenus pour ces espèces avec ceux déjà disponibles pour l'abricotier, P. armeniaca, et la vigne, plus éloignée sur le plan phylogénétique, en collaboration avec deux projets Horizon Europe en cours
# Plantes ligneuses sauvages

Vous effectuez une prédiction des mutations délétères à l'aide de méthodes basées sur la conservation évolutive et l'apprentissage automatique chez l'arbre tropical Dicorynia guianensis
Vous caractérisez des associations génotype-environnement (GEA) et génotype-phénotype (GWAS) pour identifier les mutations bénéfiques liées à l'adaptation au climat et/ou aux traits sous-jacents de fitness et de performance (GWAS)
Vous calculez les statistiques « allèles efficaces positifs » (PEAs) par comptage au niveau individuel et au niveau de la population. Ces statistiques sont similaires aux statistiques utilisées pour caractériser le fardeau génétique dans les approches développées au cours de la phase 1

A savoir: Vous aurez accès au cluster de calcul INRAE Genotoul. Vous serez supervisé par Véronique Decroocq (BFP) et Myriam Heuertz (BIOGECO), en lien avec le coordinateur du projet Santiago González-Martínez (BIOGECO). Des réunions régulières seront organisées avec l'ensemble du consortium afin de discuter des analyses à mener et d'échanger sur l'interprétation des résultats.