Stage M2 en Bio-Informatique H/F ASNR (Autorité de sûreté nucléaire et de radioprotection)

L'objectif du stage est d'analyser et d'intégrer des données de ST et de scRNA-seq afin d'étudier deux phénomènes :
- La réponse vasculaire, à travers l'analyse des changements phénotypiques des sous populations de cellules endothéliales pulmonaires. Ces cellules sont au coeur de la réponse radio-induite dés tissu sains irradiés.
- La réponse inflammatoire et immunitaire avec la caractérisation approfondie des modifications des sous populations myéloïdes et lymphoïdes détectées dans les jeux de données.
L'approche bio-informatique reposera sur des méthodes d'intégration multi-omiques combinant scRNA-seq et ST, afin de tirer parti de la complémentarité de ces deux technologies. Cette intégration permettra ensuite d'approfondir l'analyse des jeux de données à l'aide d'outils de reconstruction de trajectoires cellulaires et d'inférence d'interactions cellule-cellule, en intégrant la dimension spatiale.
L'ensemble de ces analyses visera à mieux comprendre les réseaux cellulaires et les mécanismes moléculaires à l'origine des altérations endothéliales et immunitaires dans la pathologie pulmonaire radio-induite.

Données
Le stage s'appuie sur des jeux de données déjà obtenues au laboratoire à la fois :
1. Des données de transcriptomique spatiale (MERFISH), technologie basée sur l'imagerie et l'hybridation in situ d'un panel de 500 gènes d'intérêt
2. Plusieurs jeux de données scRNA-seq couvrant le transcriptome des cellules endothéliales et immunitaires pulmonaire
Ces données ont été générées à partir d'un modèle de souris irradiées localement au niveau de l'ensemble du thorax par une dose unique de 18 Gy reproduisant des lésions aiguës (7 jours), intermédiaires (3 mois) et tardives (6 mois) post-irradiation.

Travail demandé
1. Intégration multi-omique : associer l'information spatiale obtenue par MERFISH avec les profils d'expression obtenus par scRNA-seq.
2a. Etude des trajectoires cellulaires : identifier et appliquer les outils méthodologiques les plus adaptés, dans le but de reconstruire les trajectoires de différenciation ou d'activation cellulaire au sein du tissu irradié.
2b. Analyses des interactions cellules-cellules : évaluer et appliquer les approches bio-informatiques pertinentes pour l'étude des réseaux de communication intercellulaire en intégrant la dimension spatiale.