Assistant Ingénieur en Expérimentation et Instrumentation Biologiques sur Plateforme d'Imagerie et Microscopie H/F CNRS

Missions scientifiques:
- recherche de solutions répondant aux besoins des utilisateurs dans le cas de nouveaux projets scientifiques
- création à la demande d'outils pour interpréter les résultats
- analyse d'échantillons avec rédaction de rapports de résultats
- traitement et analyse d'image

Missions de formation:
- formation des nouveaux utilisateurs

Missions techniques:
- entretien et contrôle qualité des équipements
- dépannage et assistance aux utilisateurs en cas de difficultés pendant l'acquisition d'images ou leur traitement
- réparation des équipements de façon à immobiliser le moins longtemps possible les microscopes
- maintenance d'un serveur de stockage des données
- gestion du parc informatique de la plateforme

Missions Administratives :
-Gestion des commandes et des stocks.
-Organisation des plannings d'utilisation
Activités
- Préparer les appareillages, en assurer l'entretien ainsi que la maintenance de premier niveau, les contrôles et
réglages systématiques (calibration)
- Assurer une aide technique sur les microscopes de la plateforme - Participer à la formation technique des
utilisateurs et des stagiaires
- Conseiller les utilisateurs et les partenaires sur les possibilités et limites des techniques disponibles, sur
l'interprétation des données
Utiliser et développer des outils d'analyse d'image en utilisant les différentes plateformes logicielles disponibles, la
programmation et l'écriture de scripts, pour la quantification de composants cellulaires et sub-cellulaires.
- Participer aux enseignements et formations/ateliers pratiques organisés par la plateforme d'imagerie.
- Assurer une veille scientifique et participer aux réseaux métiers.
- Gérer les stocks et les commandes - Appliquer les réglementations liées à l'utilisation d'échantillons biologiques et
de microscopes photoniques
- Participer au développement de la plateforme
Compétences
Connaissances :
- Connaissance des principes de bases en fluorescence, imagerie microscopique, imagerie quantitative
- Connaissances des méthodes conventionnelles de traitement et d'analyse d'images biologiques
- Connaissance des principes de base en physique optique, mesures et instrumentation d'imagerie
- Connaissances en alignement, métrologie et calibration des systèmes optiques serait un plus
- Connaissance des règles d'hygiène et sécurité
- Anglais (niveau A2 à B1)

Compétences opérationnelles :
- Savoir réaliser et analyser par imagerie photonique des préparations d'échantillons biologiques
- Savoir utiliser les logiciels spécifiques à l'acquisition et à l'analyse d'images:imaris, imageJ, autoquant, ZEN, Nis
element
- Savoir utiliser les outils de machine et deep learning pour le traitement et l'analyse d'images biologiques (ilastik,
Stardist, Cellpose, etc)
- Maîtrise d'au moins un langage de programmation (Java, Python, MATLAB, etc)
- Savoir rendre compte - Savoir transmettre des connaissances

Compétences comportementales :
- Autonomie - Capacité à communiquer et gérer les relations avec de nombreux interlocuteurs internes (utilisateurs)
et externes (fournisseurs) à la plateforme
- Curiosité
- Qualité de pédagogue
- Savoir planifier son activité en fonction des demandes à traiter
- Aimer partager ses connaissances pour accompagner les chercheurs selon une notion de services
Contexte de travail

Sous la direction du responsable opérationnel IE de la plateforme, l'agent gère le fonctionnement quotidien de la plateforme d'Imagerie aussi bien dans les aspects techniques qu'administratifs.
Sous la direction du responsable opérationnel IE de la plateforme, l'agent gère le fonctionnement quotidien de la plateforme d'Imagerie aussi bien dans les aspects techniques qu'administratifs.
Contraintes et risques

Conditions particulières d'exercice:
Travail à l'obscurité, exposition aux rayonnements laser
Conditions particulières d'exercice:
Travail à l'obscurité, exposition aux rayonnements laser