Chercheur en Génomique de la Levure H/F CNRS

La mission principale consistera à étudier et quantifier l'effet des interactions microbiennes sur le phénotype et le fitness de Saccharomyces en environnement contrôlé. Plus précisément, le chercheur sera chargé de quantifier les effets des interactions inter-espèces sur la valeur adaptative et le cycle de vie des levures, telles que la croissance clonale, la viabilité, la sporulation ou la reproduction sexuée, entre autre. À cette fin, le candidat sera en charge de construire et maintenir des consortiums microbiens synthétiques de divers partenaires microbiens. La conception d' expériences de co-culture à long terme permettra évaluer l'adaptation réciproque et la contrainte évolutive.
Une part importante du travail portera sur la mise en place et la gestion d'une plateforme « microbiome » innovante. Le chercheur sera spécifiquement en charge de développer des outils et des protocoles expérimentaux, y compris des rapporteurs fluorescents et des constructions génétiques, pour suivre en temps réel les variations phénotypiques de la levure. Le scientifique mettra au point la microscopie à intervalle de temps, la cytométrie en flux et le tri cellulaire (FACS), et la microfluidique pour étudier les interactions microbiennes à l'échelle de la population et de la cellule unique.
Au-delà de la dimension expérimentale, le chercheur aura un rôle clé dans la formation des membres de l'équipe à l'utilisation de ces technologies et à la standardisation des protocoles qui en découlent contribuant ainsi à la capitalisation des savoirs et à la montée en compétences de l'équipe. La participation active aux réunions de laboratoire, à l'analyse des données et aux échanges collaboratifs avec des partenaires externes en écologie microbienne assureront l'intégration d'expertises complémentaires.
Activités
Le projet s'articule autour de quatre objectifs interdépendants.
1) Caractériser la variabilité des communautés microbiennes associées à Saccharomyces (SMIC) dans différents environnements, et analyser leur rôle dans la structuration de la diversité génomique intra- et inter- espèce;
2) Étudier expérimentalement les interactions intercellulaires au sein des SMIC, en utilisant des communautés microbiennes reconstituées en conditions contrôlées;
3) Évaluer l'impact d'interactions intracellulaires sur les génomes des levures, notamment les flux de gènes entre espèces et les phénomènes de co-infection levure-bactérie;
4) Identifier les variants génétiques présents dans les populations naturelles de Saccharomyces qui sous-tendent et modulent ces interactions avec les communautés microbiennes.
Le CDD se concentrera principalement sur les objectifs 2 et 3, qui impliquent (i) la caractérisation des interactions microbiennes dans des environnements de laboratoire contrôlés, et (ii) l'établissement d'une communauté microbienne pour étudier les interactions d'ordre supérieur et les dynamiques co-évolutives à long terme.
Cela nécessite des responsabilités techniques, conceptuelles et de développement avancées, telles que la conception de nouveaux outils et méthodologies. Un contrat par projet (projet CDD) est donc le format le plus approprié pour soutenir ce travail limité dans le temps : ce poste nécessite une expertise de haut niveau à l'interface de l'écologie moléculaire de la levure, du phénotypage quantitatif et de l'expérimentation des communautés microbiennes. Il assure également la continuité sur plusieurs années pour la stabilisation de plateformes expérimentales de pointe indispensables au SMIC.
Compétences
Le candidat idéal aura une solide expérience en génétique de la levure, en écologie et en phénotypage quantitatif, idéalement avec une expérience préalable dans l'étude de la façon dont les interactions environnementales et microbiennes façonnent les phénotypes de levure. Le chercheur doit avoir de l'expérience dans l'ingénierie génétique et la manipulation de levures et bactéries pour mesurer les phénotypes complexes des communautés microbiennes. En outre, le candidat doit avoir des bases solides en cytométrie de flux et tri cellulaire (FACS), ainsi que des connaissances pour la mise en oeuvre des technologies de microfluidiques.
Au-delà des compétences techniques, le candidat retenu devra contribuer à l'environnement scientifique du laboratoire en formant d'autres chercheurs et en co-dirigeant la mise en place de nouvelles plateformes et de pipelines expérimentaux.
Résultats attendus et contrôles

Le chercheur recruté fournira :
- Pipelines opérationnels pour le phénotypage SMIC
- Flux de travail normalisés de microscopie et de cytométrie, y compris les protocoles d'imagerie en temps réel
- Outils moléculaires validés pour mesurer les réponses phénotypiques des levures au sein des communautés microbiennes
- La mise en place d'une plate-forme de microfluidique pour étudier les interactions bactériennes à l'échelle cellulaire
- Au moins deux publications en tant que premier auteur dans des revues internationales
- Protocoles partagés pour une utilisation plus large par l'équipe
Les progrès seront suivis au moyen de présentations internes et de rapports de projet intermédiaires.
Le CDD soutiendra directement l'installation et l'intégration d'infrastructures clés (plateforme « microbiome ») dont un microscope à épifluorescence, un cytomètre et un trieur (FACS), technologies essentielles au projet. Le scientifique recruté jouera un rôle déterminant dans l'établissement de ces flux de travail et la formation d'autres chercheurs, assurant ainsi la capacité à long terme du laboratoire.
Les travaux du candidat devraient mener à des publications à fort impact et à des applications biotechnologiques potentielles, y compris des outils brevetables.
Le chercheur recruté fournira :
- Pipelines opérationnels pour le phénotypage SMIC
- Flux de travail normalisés de microscopie et de cytométrie, y compris les protocoles d'imagerie en temps réel
- Outils moléculaires validés pour mesurer les réponses phénotypiques des levures au sein des communautés microbiennes
- La mise en place d'une plate-forme de microfluidique pour étudier les interactions bactériennes à l'échelle cellulaire
- Au moins deux publications en tant que premier auteur dans des revues internationales
- Protocoles partagés pour une utilisation plus large par l'équipe
Les progrès seront suivis au moyen de présentations internes et de rapports de projet intermédiaires.
Le CDD soutiendra directement l'installation et l'intégration d'infrastructures clés (plateforme « microbiome ») dont un microscope à épifluorescence, un cytomètre et un trieur (FACS), technologies essentielles au projet. Le scientifique recruté jouera un rôle déterminant dans l'établissement de ces flux de travail et la formation d'autres chercheurs, assurant ainsi la capacité à long terme du laboratoire.
Les travaux du candidat devraient mener à des publications à fort impact et à des applications biotechnologiques potentielles, y compris des outils brevetables.
Contexte de travail

Le post-doctorant sera affecté à l'équipe du Dr Gianni LITI « Génomique des populations et traits complexes ». Cette équipe est l'une des équipes fondatrices de l'IRCAN et est située à la Faculté de médecine de Nice. Elle dispose de tout l'équipement nécessaire pour mener des expériences en génétique et génomique de la levure et a accès à des installations de pointe en microscopie, cytométrie et génomique, ainsi qu'à des serveurs informatiques et de stockage.
Le post-doctorant sera affecté à l'équipe du Dr Gianni LITI « Génomique des populations et traits complexes ». Cette équipe est l'une des équipes fondatrices de l'IRCAN et est située à la Faculté de médecine de Nice. Elle dispose de tout l'équipement nécessaire pour mener des expériences en génétique et génomique de la levure et a accès à des installations de pointe en microscopie, cytométrie et génomique, ainsi qu'à des serveurs informatiques et de stockage.
Contraintes et risques

Le système avec lequel nous travaillons (la levure) est connu pour être sûr et non pathogène. Certains des produits chimiques utilisés dans les expériences sont toxiques et doivent être manipulés conformément aux instructions. Une initiation à la sécurité sera dispensée avant le début des activités expérimentales.
Le système avec lequel nous travaillons (la levure) est connu pour être sûr et non pathogène. Certains des produits chimiques utilisés dans les expériences sont toxiques et doivent être manipulés conformément aux instructions. Une initiation à la sécurité sera dispensée avant le début des activités expérimentales.