Ingénieur·e de Recherche - Analyse de l'Immunosénescence Intestinale et de son Impact sur le Vieillissement du Poisson-Zèbre H/F CNRS

Ce poste fait partie du projet ANR 2025 ImmunoGUT, qui étudie le rôle du système immunitaire intestinal dans le vieillissement des vertébrés. Le projet s'appuie sur nos travaux antérieurs sur le poisson-zèbre, dans lesquels nous avons établi que le poisson-zèbre déficient en télomérase constituait un modèle de vieillissement prématuré et démontré que des télomères courts dans des tissus clés déclenchaient un vieillissement local et systémique (Carneiro et al., PLoS Genet 2016). Plus précisément, nous avons identifié le cGAS-STING comme un capteur central des dommages à l'ADN associés aux télomères in vivo (Serifoglu et al. EMBO J 2025). L'érosion des télomères dans l'épithélium intestinal déclenche l'activation du cGAS-STING avec des programmes robustes d'interféron de type I et de SASP, entraînant un dysfonctionnement de la barrière intestinale et propageant l'inflammation et le vieillissement vers les organes distaux.
Activités
1. Phénotypage tissulaire et cellulaire du vieillissement intestinal à travers les étapes de la vie chez des modèles vertébrés : histologie et immunomarquage pour l'intégrité épithéliale et l'infiltration immunitaire ; analyse quantitative d'images (ImageJ/Fiji).
2. Lectures immunitaires innées et adaptatives : panels de marqueurs pour les compartiments myéloïdes/lymphoïdes ; profilage transcriptionnel inflammatoire (par exemple, cytokines/gènes stimulés par l'interféron) par RT-qPCR/ARN.
3. Signalisation du stress et des dommages dans l'épithélium intestinal : tests de réponse aux dommages de l'ADN et d'état prolifératif (par exemple, H2AX/53BP1, PCNA), et marqueurs de sénescence le cas échéant ; alignement avec les lectures de l'organisme.
4. Fonction barrière et homéostasie : tests liés à la perméabilité épithéliale et aux composants des jonctions serrées ; intégration avec les signatures immunitaires pour déduire les relations causales.
5. Gestion et intégration des données : produire des ensembles de données clairs avec des données documentées ; contribuer aux rapports intermédiaires et finaux conformément aux exigences de l'ANR.
6. Diffusion et supervision : contribuer à la rédaction de manuscrits ; présenter les résultats lors des réunions du consortium ; encadrer les stagiaires en master associés à l'équipe.
Compétences
Nous recherchons un-e Ingénieur-e de Recherche (de préférence titulaire d'un doctorat) très motivé-e et désireux.se d'intégrer des connaissances allant de la biologie moléculaire et cellulaire à la biologie du vieillissement. Particulièrement :
- Connaissances préalables en immunologie des tissus barrières et/ou en biologie du vieillissement ; familiarité avec les modèles de poissons zèbres.
- Expérience pratique en immunohistochimie/immunofluorescence, analyse quantitative d'images et tests d'expression génétique (méthodes RT-qPCR/ARN).
- Solide maîtrise de la conception expérimentale, des statistiques, de l'analyse des données et de la documentation reproductible.
- Excellentes compétences en rédaction scientifique et en communication en anglais.
- Expérience en biologie épithéliale intestinale (intégrité de la barrière, régénération) et interaction avec l'immunité innée/adaptative.

Contexte de travail

Le projet s'appuie directement sur nos travaux antérieurs chez le poisson zèbre, où nous avons établi le modèle de vieillissement prématuré déficient en télomérase et montré que des télomères courts dans des tissus clés initient un vieillissement local et systémique (Carneiro et al., PLoS Genetics 2016). Nous avons également démontré que la ré-expression intestin-spécifique de la télomérase contrecarre le vieillissement systémique, et précisé les signatures p53/DDR associées aux dommages liés aux télomères (El Maï & Ferreira, Nature Aging 2023). Ces acquis et protocoles (histologie/IHC-IF pour DDR et sénescence, lectures inflammatoires, mesure de la longueur des télomères) constituent la référence conceptuelle et méthodologique chez le poisson-clown, permettant une comparaison inter-espèces des biomarqueurs du vieillissement intestinal et de leurs corrélats microbiens.
Le projet s'appuie directement sur nos travaux antérieurs chez le poisson zèbre, où nous avons établi le modèle de vieillissement prématuré déficient en télomérase et montré que des télomères courts dans des tissus clés initient un vieillissement local et systémique (Carneiro et al., PLoS Genetics 2016). Nous avons également démontré que la ré-expression intestin-spécifique de la télomérase contrecarre le vieillissement systémique, et précisé les signatures p53/DDR associées aux dommages liés aux télomères (El Maï & Ferreira, Nature Aging 2023). Ces acquis et protocoles (histologie/IHC-IF pour DDR et sénescence, lectures inflammatoires, mesure de la longueur des télomères) constituent la référence conceptuelle et méthodologique chez le poisson-clown, permettant une comparaison inter-espèces des biomarqueurs du vieillissement intestinal et de leurs corrélats microbiens.
Contraintes et risques

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