Identification d'Arn Localisés dans les Embryons Précoces et des Types Cellulaires qui Dépendent de Nodal Fgf et Bmp H/F CNRS

La première partie du projet consistera à identifier les ARNm distribués de manière asymétrique dans les différents blastomères de l'embryon précoce. Quelques ARNm, dont le transcrit maternel codant pour l'antagoniste du TGF-bêta, Panda, et l'ARNm zygotique codant pour le TGF-bêta Nodal, ont été identifiés, mais aucune recherche systématique d'ARNm localisés précocement n'a été effectuée. On ignore si, outre Panda et Nodal, d'autres asymétries précoces de l'ARNm maternel localisé ou des gènes zygotiques existent et si elles interviennent dans la spécification de l'axe. L'un des objectifs du projet de doctorat sera d'identifier les transcrits maternels/zygotiques précoces distribués de manière asymétrique dans les blastomères des embryons aux stades 4, 8, 16, 32 et 60 cellules par séquençage d'ARN unicellulaire. Cette approche sc-RNA-seq est idéale pour identifier les ARNm localisés précocement, déterminants maternels potentiels de l'axe D/V.
Le deuxième objectif du projet est d'identifier les types cellulaires dépendants de Nodal, BMP ou FGF, à préciser.
Bien que les types cellulaires soient des éléments constitutifs essentiels des organismes multicellulaires, et que Nodal, BMP et FGF soient des signaux clés qui instruisent les cellules au cours du développement, aucune description détaillée des types cellulaires spécifiés par Nodal, BMP ou FGF n'est encore disponible. Pour combler cette lacune, nous traiterons des embryons d'oursin avec des réactifs activant ou bloquant la voie Nodal, BMP ou FGF et analyserons leurs transcriptomes à l'échelle de la cellule unique.
Activités
Réalisation de cultures d'embryons synchrones à différents stades embryonnaires d'embryon wild type ou d'embryons traités par des agents pharmacologiques, dissociation des blastomeres à différents stades, passage sur l'appareil chromium et collecte des échantillons après reverse transcription.
Compétences
manipulation d'embryons d'oursin (collecte des gamètes, fécondation, filtration, détermination du stade embryonnaire, dissociation. Analyse de l'expression spatiale des transcrits identifiiés par hybridation in situ. Analyses fonctionnelles par gain et perte de fonction. Construction de réseaux génétiques.
Contexte de travail

L'Institut de biologie valrose (IBV) est un Institut de recherche international comprenant 27 équipes et 250 membres. Il a trois tutelles: cnrs, Inserm et Université Côte d'azur.L'institu est situé dans Nice sur le campus de la faculté des Sciences. L'équipe est composée de 4 personnes
L'Institut de biologie valrose (IBV) est un Institut de recherche international comprenant 27 équipes et 250 membres. Il a trois tutelles: cnrs, Inserm et Université Côte d'azur.L'institu est situé dans Nice sur le campus de la faculté des Sciences. L'équipe est composée de 4 personnes
Contraintes et risques