Ingénieur en Bioinformatique pour l'Analyse de Données de Métagénomique Virale - Renabi - Villeurbanne - Prabi H/F CNRS

La mission de l'ingénieur est l'analyse bioinformatique de données de métagénomique virale dans le but de mieux caractériser les interactions des virus avec leurs hôtes.
Activités
- Développement ou adaptation de pipelines de métagénomique virale sous nextflow/snakemake
- Analyse de données de métagénomique/métatranscriptomiqiue disponible dans le cadre du projet en collaboration avec M. Hugoni, le projet Virome@tlas et le NNCR cloud de l'IFB

Compétences
Savoirs / connaissances
- Métagénomique virale
- Microbiologie
- Biologie Moléculaire
- Méthode de séquençage
- Bioinformatique (algorithme d'assemblage, assignation taxonomique, annotation fonctionnelle, phylogénie moléculaire)

Savoir-faire
- Programmation Python, Bash, R
- Environnement Linux
- Gestionnaire de workflow (Nextflow/Snakemake), containeurisation Docker, gestion d'environnement Conda
- Utilisation d'infrastructure de calcul et de stockage (cluster, cloud)
- Analyses bioinformatiques des données de métagénomique (assemblage, annotation taxonomique et fonctionnelle)
- Analyses statistiques en écologie (calcul d'indice de biodiversité, analyse multivariée) est un plus
- Phylogénie moléculaire est un plus
- Mise en forme des résultats sous l'application shiny ou Notebook Jupyter

Savoirs-être
- Autonomie
- Rigueur, ponctualité
- Force de proposition
- Ouverture d'esprit, créativité
- Communication des résultats, formation des utilisateurs

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale en biologie-santé regroupant 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR 3601). L'IFB a pour mission de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, ...), de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins, et d'anticiper les futurs développements du domaine. Le PRABI-AMSB est une plateforme UCBL1 de la FR BioEEnvis, membre de l'IFB et héberge plusieurs personnel IFB impliqué plus particulièrement dans le développement du cloud académique et son application en Intelligence Artificielle. Il y a une possibilité de prolongement du contrat de 6 mois dans la cadre du projet cloud4SAM en collaboration avec l'IFB avec pour mission le développement de pipeline en de métagénomique microbienne dans le cadre d'un cloud sécurisé.
La personne recrutée travaillera au sein du PRABI-AMSB, UCBL1, FR BioEEnVis
- Restaurant administratif sur place
- Possibilité de faire du télétravail (jusqu'à 2 jours par semaine)
- Temps de travail : 38h30/semaine et 45 jours de congés annuels.
- Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.
L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) est une infrastructure nationale en biologie-santé regroupant 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR 3601). L'IFB a pour mission de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, ...), de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins, et d'anticiper les futurs développements du domaine. Le PRABI-AMSB est une plateforme UCBL1 de la FR BioEEnvis, membre de l'IFB et héberge plusieurs personnel IFB impliqué plus particulièrement dans le développement du cloud académique et son application en Intelligence Artificielle. Il y a une possibilité de prolongement du contrat de 6 mois dans la cadre du projet cloud4SAM en collaboration avec l'IFB avec pour mission le développement de pipeline en de métagénomique microbienne dans le cadre d'un cloud sécurisé.
La personne recrutée travaillera au sein du PRABI-AMSB, UCBL1, FR BioEEnVis
- Restaurant administratif sur place
- Possibilité de faire du télétravail (jusqu'à 2 jours par semaine)
- Temps de travail : 38h30/semaine et 45 jours de congés annuels.
- Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements.