Doctorant en Biochimie et Microbiologie H/F CNRS

Les sidérophores sont des métabolites produits par de nombreux microorganismes pour répondre à leur besoin en fer. Grâce à leurs propriétés chélatrices de métaux et leur capacité à être transportés de manière spécifique par la bactérie, les sidérophores présentent un fort potentiel biotechnologique, notamment en biomédecine. Le projet vise à produire, par ingénierie bactérienne, des analogues du sidérophore pyoverdine - le principal sidérophore produit par Pseudomonas aeruginosa - afin d'en diversifier ses applications. Plus précisément, il s'agit de modifier la voie de biosynthèse de la pyoverdine, un peptide synthétisé par des mégasynthases, en vue d'y incorporer des acides aminés non canoniques (doi: 10.1186/s12934-024-02472-4). La stratégie repose sur l'ingénierie enzymatique de l'une de ces mégasynthases, via une approche rationnelle, afin de modifier sa spécificité de substrat et d'obtenir des variants capables d'incorporer des acides aminés fonctionnalisés. L'objectif final est de générer des souches produisant la pyoverdine fonctionnalisée, pouvant ensuite être conjuguée à différentes molécules (par exemple, des antibiotiques) dans le but de développer des vecteurs ciblés ou d'explorer de nouvelles propriétés au sidérophore.
Dans ce contexte, le ou la candidate recruté(e) mettra au point un système de criblage in vitro conçu pour mesurer l'activité catalytique de la mégasynthase et de ses variants, construira les souches nécessaires à la production des analogues de la pyoverdine, et participera aux expériences de bioconjugaison, ainsi qu'à la purification et à la caractérisation (spectrométrie de masse) des analogues et des conjugués obtenus.

Le ou la candidat recruté(e) devra
- Posséder des connaissances solides en biochimie, notamment en production (système cellulaire et acellulaire) et purification (par chromatographie) de protéines et biomolécules, en enzymologie, ainsi qu'en méthodes analytiques telles que la spectrométrie de masse. Des compétences en biologie moléculaire (clonage, édition de génome bactérien) et en microbiologie sont également attendues.
- Être capable d'interagir avec les différents partenaires du projet et d'évoluer dans un environnement pluridisciplinaire.
- S'impliquer dans la vie technique du laboratoire aux côtés des autres personnels (commandes, entretien des machines, gestion de stock et des déchets)
- Communiquer à l'écrit et à l'oral, en français et en anglais, sur ses travaux.
Contexte de travail
La thèse se déroulera au laboratoire de Biotechnologie et Signalisation Cellulaire (BSC- UMR 7242) situé à l'Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS) à Illkirch. Le ou la doctorante rejoindra l'équipe Métaux et Microorganismes : Biologie, Chimie et Applications codirigée par les Dr I. Schalk et G. Mislin. L'équipe est composée de 25 personnes ( permanents, doctorants et postdoctorants) travaillant à l'interface de la biologie et de la chimie. Avec plus de 160 articles depuis 2001, l'équipe est reconnue internationalement pour sa contribution à l'élucidation des systèmes d'acquisition du fer dépendants des sidérophores chez les bactéries. La personne recrutée sera rattachée à l'Ecole Doctorale des sciences de la vie et de la santé (ED414) de l'Université de Strasbourg. Le projet est financé par l'Agence Nationale de la recherche (ANR) et implique 5 partenaires : le laboratoire BSC - UMR7242, l'IGBMC (UMR7104) et TBI (INSA Toulouse) pour la partie modélisation moléculaire, le LSMIS (UMR7140) et le LIMA (UMR7042) pour la caractérisation physico-chimique des sidérophores.
Contraintes et risques
Manipulation dans un laboratoire BSL-1 pour les microorganismes non pathogènes et BSL-2 pour les microorganismes pathogènes de classe 2 (Pseudomonas aeruginosa).