Ingénieur en Bioinformatique H/F CNRS

Détail du poste

La personne recrutée aura comme première mission d'assurer l'organisation, le stockage et le partage des données des projets ALIQUOT et DIET. Cela concerne principalement des données de séquençage (eg. Illumina et Nanopore) mais aussi des données de terrain. Sur ce second aspect, la personne recrutée interagira avec d'autres initiatives nationales sur le partage et la standardisation des données d'écologie moléculaire (OneWater PC8, PatriNat).

La deuxième mission concerne la construction de pipelines bioinformatiques pour l'analyse de données en génomique environnementale (principalement métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique). La personne recrutée aura en charge la mise en place et la mise à disposition de ces pipelines suivant les principes FAIR. Ce travail se fera en grande partie en soutien de l'activité des doctorant.es et post-doctorant.es des projets ALIQUOT et DIET. La personne recrutée sera aussi chargée de la mise en place d'un pipeline de préparation automatisé et versionné de bases de données de références taxonomiques moléculaires.

Activités
- Responsable de la gestion de données de séquençage (formatage, métadonnées, stockage, soumission à des bases de données publiques)
- Responsable de la construction, harmonisation et optimisation de pipelines bioinformatiques
- Accompagnement et formation des membres des projets ALIQUOT et DIET vers la FAIRisation des données et procédures bioinformatiques
- Soutien aux analyses de bioinformatique en génomique environnementale : basecalling, data mining, assemblage, annotation, assignation...
- Participation à l'animation des projets ALIQUOT et DIET
- Participation à l'évolution des Plans de Gestion de Données des projets ALIQUOT et DIET

Compétences
- Très bonne maîtrise des outils de construction de pipelines bioinformatiques reproductibles
- Bonne maîtrise des outils de bioinformatique pour la génomique environnementale
- Très bonnes compétences organisationnelles afin de mener à bien plusieurs projets en parallèle
- Bonnes compétences de communication, de restitution, de formation et de travail en équipe
- Des connaissances en écologie moléculaire et en hydrobiologie ne sont pas nécessaires mais sont un plus.
- Des profils exclusivement bio-informatiques sont en adéquation avec ce poste.

Contexte de travail






Ce poste s'inscrit dans les objectifs de deux projets : le projet ALIQUOT et le projet DIET.

Le projet ALIQUOT est lauréat en 2023 du 1er appel à projet du Programme National de Recherche Exploratoire OneWater - Eau Bien Commun. Lancé en Mars 2022, ce programme financé par le plan France 2030 (53M€) vise à développer les connaissances dans le domaine de l'eau pour changer de paradigme et réhabiliter l'eau comme bien commun. Le projet ALIQUOT vise à mieux comprendre la dynamique des ADN environnementaux en milieux aquatiques pour mieux les utiliser comme des sentinelles de la diversité et du fonctionnement des socio-hydrosystèmes. Le projet regroupe un consortium national de 10 laboratoires et implique plusieurs thèses et post-doctorats dans un environnement collaboratif.

Le projet DIET, financé par l'ANR, étudie l'influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition des litières de feuilles, un processus clef du fonctionnement des milieux aquatiques (https://shorturl.at/yqHet). Pour cela, des approches de métagénomique long-reads et d'isotopie sont développées pour caractériser le rôle de ces communautés microbiennes digestives dans le processus de dégradation des feuilles et les flux de carbone qui en découlent dans les milieux d'eau douce.

Le Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA) est un centre de recherche dynamique et interdisciplinaire, situé à Lyon, dédié à l'étude des interactions complexes entre les écosystèmes, les organismes vivants et leur environnement. Le laboratoire s'inscrit dans une approche globale des sciences de l'environnement, combinant écologie, biologie moléculaire et modélisation pour mieux comprendre les processus écologiques de l'échelle moléculaire jusqu'aux écosystèmes. Au travers de la fédération de recherche BioEEnViS, notre laboratoire assure un accès à un cluster de calcul.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.
Contraintes et risques
- Mobilité (environ 4 déplacements par an de quelques jours)
- Interactions avec de nombreuses personnes en doctorat et post-doctorat
- Travail sur deux projets en parallèle