Ingénieure·e en Bioinformatique et Génomique H/F INRAE
Nouzilly - 37 Fonctionnaire- Bac +5
- Service public autres
Détail du poste
Ingénieure-e en bioinformatique et génomique comparée bactérienne, vous serez amené-e à prendre en charge des analyses génomiques dans le cadre de différents projets portés par les chercheurs de l'équipe d'accueil. En interaction directe avec les chercheurs, vous participerez aux choix des méthodologies de production des données de séquençage haut-débit. Vous aurez pour mission d'assurer la gestion selon le principe FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) des données « omiques » produites. Vous assurerez le déploiement des outils bioinformatiques adéquats pour les analyses de génomique comparée (contrôle qualité des données brutes, assemblage, annotation, phylogénomique, analyses multivariées). Vous assurerez la veille scientifique et technologique des outils bioinformatiques dans votre domaine d'activité. Vous serez également membre de la cellule transversale de bioinformatique de l'unité et dans ce contexte, vous serez amené-e à apporter votre expertise en soutien et conseil à d'autres équipes de l'unité.
Vos activités principales seront :
- De mettre en oeuvre des approches de génomique comparative et de phylogénomique pour comprendre la diversité et l'évolution des bactéries pathogènes étudiées dans l'unité ;
- L'analyse de jeux de données métagénomiques de microbiotes (pathobiome, flux de gènes, flore de barrière...) ;
- Mise en forme et visualisation graphique des résultats d'analyses ;
- Gestion FAIR des données « omiques » produites et participation au plan de gestion des données aux échelles projet/équipe/unité (gestion et stockage des données brutes et d'analyses) ;
- Gestion et mise à jour des outils et pipelines bio-informatiques déployés ;
- Veille scientifique et technologique (méthodes de séquençage, outils bio-informatiques) ;
- Le conseil et la formation aux outils bio-informatiques.
Le profil recherché
Ce poste de niveau Ingénieur d'études (catégorie A) est à pourvoir par voie de mobilité interne ou de détachement.
Vous avez un diplôme en bioinformatique. Une première expérience serait appréciée.
Vos compétences :
- Travail en ligne de commande ;
- Maîtrise de langages de programmation (Python, R...) ;
- Gestion de pipelines bio-informatiques ;
- Travail sur clusters de calculs (parallélisation).
- Nouzilly - 37
- Fonctionnaire
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