Ingénieur - Ingénieur d'Étude en Génomique Écologique des Interactions Plante-Microbe H/F CNRS

Détail du poste

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations naturelles évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte et des conditions abiotiques, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d'agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de comprendre comme les agents pathogènes interagissent entre eux et comment ces interactions pathogène-pathogène sont modulées par le microbiote de l'hôte, la génétique de l'hôte et l'environnement abiotique. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM\_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut débit d'interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés persistantes d'agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le poste d'ingénieur/ingénieure d'études s'inscrit dans la troisième étape du projet PATHOCOM, qui vise entre autres à tester l'effet de facteurs abiotiques sur les interactions entre 18 souches bactériennes pathogènes (9 souches de P. syringae et 9 souches de X. campestris), en conditions in vitro et en conditions de champ. Pour atteindre ces objectifs, la personne recrutée bénéficiera d'outils permettant d'effectuer du phénotypage haut-débit (robots pipeteurs, souches bactériennes et lignées végétales barcodées, imagerie haut-débit de la croissance végétative...). Ce poste d'ingénieur/ingénieure d'études de 30 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et sera réalisé dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (Université de New-York, États-Unis).
Activités
L'ingénieur/ingénieure d'études sera en charge de tester l'effet de 4 facteurs abiotiques (climat, propriétés physico-chimiques du sol) sur 153 paires de souches bactériennes pathogènes (Pseudomonas syringae and Xanthomonas campestris) en conditions in vitro et en conditions de champ. Pour mener à bien ses missions, l'ingénieur/ingénieure d'études pourra s'appuyer sur un collectif de l'équipe d'accueil (3 postdocs, un/une autre ingénieur/ingénieure d'études et une technicienne) travaillant sur des missions proches de celle demandées pour ce profil. L'ingénieur/ingénieure d'études devra assurer une veille technologique pour identifier les dernières méthodologies qui permettront d'accélérer les différentes étapes des expériences (semis, inoculation de solutions bactériennes, phénotypage haut-débit, extraction d'ADN, préparation de librairies pour un séquençage haut-débit, analyse de données...). L'ingénieur/ingénieure d'études sera en charge de l'organisation de l'infection des plantes en conditions in vitro à l'aide de robots pipeteurs.
Compétences
Les candidats/candidates doivent avoir de très fortes compétences en (i) microbiologie, biologie moléculaire et génétique bactérienne, (ii) culture in vitro (microbes et plantes), (iii) mise en place d'expériences en conditions de champ, (iv) manipulation de robots pipeteurs, et (v) phénotypage haut-débit. Des compétences en manipulation et en traitement de gros jeux de données seront un réel plus. Un très bon niveau en anglais est requis.
Contexte de travail

https://en.lipme.fr/ecogen-1
Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip\_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d'un cadre d'interaction avec d'autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l'équipe d'accueil ECOGEN :
https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

L'ingénieur/ingénieure de recherche sera localisé(e) au LIPME, mais sera peut-être amené(e) à réaliser chaque année un séjour de 4 semaines dans le laboratoire de Joy Bergelson pour la mise en place d'expériences en conditions de champ. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.