Ingénieur·e d'Études en Bioinformatique H/F Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm)
Paris 5e - 75 CDD- Bac +5
- Service public hospitalier
Détail du poste
Mission principale :
La personne recrutée aura pour mission d'étudier le rôle des éléments transposables et des modifications épigénétiques dans l'activation mécanosensible des cellules dendritiques. Les changements de forme de la cellule et de son noyau au cours de la migration dans les tissus induisent des changements de leur transcriptome, via l'activation de la voie cPLA2 (Alraies et al, 2024, publication du laboratoire). Différentes études ont démontré dans des cellules non immunitaires qu'une déformation induisait des modifications épigénétiques, conférant aux cellules déformées une mémoire de leur déformation et favorisant leur différentiation (S. Wickstrom, collaborateur de l'équipe). Nous souhaitons voir si de telles régulations sont en jeu dans les cellules dendritiques et si les éléments transposables, connus comme régulant les marques épigénétiques, pourraient jouer un rôle ici. Nous savons que les cellules dendritiques doivent se déformer suffisamment et suffisamment longtemps pour activer des changements transcriptomiques. La régulation des éléments transposables pourrait ainsi constituer la base moléculaire de leur mémoire.
Les missions de la personne recrutées seront de :
- Quantifier l'expression différentielle des TEs, en sous familles et en éléments uniques, sur des données de BulkRNAsequençage, induites par les déformations mécaniques
- Identifier les mécanismes moléculaires sous-tendant ces régulations
- Caractériser le rôle des TEs dans la régulation des gènes, et évaluer les conséquences en terme de mémoire pour les cellules dendritiques
- Évaluer l'hétérogénéité des réponses des cellules dendritiques dans différents contextes physiopathologiques dans lesquels les déformations subies varient (tumeur, fibrose), grâce à l'analyse de données en single-cell RNA séquençage
Ces objectifs rentrent dans le cadre de l'objectif 5 de l'ERC SHAPINCELLFATE (Projet 101071470).
Activités principales :
· Analyser des données et interprétation des résultats (transcriptomiques et épigénétiques)
· Préparer des validations expérimentales avec les biologistes
· Effectuer une veille bibliographique, rapport et présentation en anglais
Le profil recherché
- Connaissances :
· Eléments Transposables
· Epigénétique
· Immunologie
· Mécanobiologie
· Protocoles expérimentaux
· Cadre légal et déontologique
· Langue anglaise : B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir-faire :
· Traiter des données informatiques : programmation en R, python, Bash
· Traiter des données informatiques : Seurat, Dplyr, DEseq2, ggplot2
Afficher la suite
· Interagir avec des biologistes et des informaticiens
· Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Aptitudes :
· Travail en autonomie
· Travail d'équipe
· Fiabilité
· Sens critique
· Sens de l'organisation
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Estimation basse
43 500 € / an 3 625 € / mois 23,90 € / heureSalaire brut estimé
52 500 € / an 4 375 € / mois 28,85 € / heureEstimation haute
72 500 € / an 6 042 € / mois 39,83 € / heureCette information vous semble-t-elle utile ?
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