Chercheur CDD en Spectrométrie de Masse H/F CNRS

Détail du poste

Les agrégats et fibrilles de la protéine alpha-Synucléine sont présents dans différentes maladies neurodégénératives. Le mécanisme d'agrégation est encore mal compris mais des études récentes semblent montrer un mode de propagation similaire à celui du prion, par induction de mauvais repliement entre protéines, depuis une forme pahtogène vers une forme saine.
Le but du projet MS-QuIC est de mieux comprendre le fonctionnement d'une des méthodes les plus prometteuses pour la détection précoce de formes pathogènes de l'alpha synucléine, la méthode RT-QuIC (suivi en temps réel de la conversion induite par agitation). Cette méthode met à profit la capacité d'induction de mauvais repliement en inoculant un milieu concentré en protéines saines avec une petite quantité de matériau prélevé sur un patient. Si l'agrégation est observée, l'échantillon est considéré comme pathogène. En RT-QuIC, l'apparition de fibrilles est suivie par une mesure de fluorescence basée sur l'affinité de fluorophores tels que la Thioflavine T pour les fibrilles. La robustesse de la méthode est néanmoins insuffisante et sa sensibilité à différentes formes polymorphes pathogènes reste mal comprise.

Votre mission, dans le cadre du projet ANR MS-QuIC, consistera à suivre l'évolution de milieux d'amplification RT-QuIC ensemencés avec différents échantillons de la collection clinique du CRNL. La complémentarité de la spectrométrie de masse à détection de charge (CDMS) et de la spectrométrie de masse/mobilité ionique (IMS-MS) permettra d'obtenir une compréhension du processus d'agrégation sur une gamme de tailles inédite, depuis oligomères précoces aux fibrilles matures. Ces mesures seront corrélées à une détection de fluorescence en ligne basée sur une source de nanoélectrospray modifiée développée au laboratoire.
Activités
- Utilisation de dispositifs expérimentaux non-conventionnels développés au laboratoire (spectrométrie de masse à détection de charge, spectrométrie de mobilité ionique en tandem, source d'ionisation nanoESI modifiée), optimisation de méthodes expérimentales
- Élaboration d'une stratégie de préparation d'échantillons adaptée en lien avec une équipe de biologistes cliniciens
- Traitement et rationalisation des données en lien avec une équipe de biologistes cliniciens

Compétences
Titulaire d'un doctorat avec une forte expérience en spectrométrie de masse et/ou spectrométrie de mobilité ionique appliquées à la caractérisation structurale de biomolécules, exxpérience de la préparation d'échantillons pour la spectrométrie demasse native. Des compétences en programmation python et dans l'utilisation de méthodes de spectroscopie seraient bienvenues.
Contexte de travail

L'institut Lumière Matière (iLM) est une unité de recherche CNRS-Université Lyon 1 localisée sur le campus Lyon Tech La Doua. Avec environ 300 collaborateurs dont une centaine de doctorants et post-doctorants, 150 stagiaires par an, l'iLM est un acteur majeur de la recherche en physique et chimie sur la région Auvergne Rhône Alpes, reconnu internationalement pour l'excellence de sa recherche.

L'équipe d'accueil est l'équipe spectrobio de l'iLM, qui compte environ 25 personnes (dont une quinzaine de doctorants et chercheurs CDD) développant une activité de recherches dans les domaines de la spectrométrie de masse, de la spectroscopie optique.
Le recrutement se fera dans le cadre du projet ANR interdisciplinaire MS-QuIC, fruit de la collaboration entre l'équipe spectrobio et une équipe de biologistes cliniciens du centre lyonnais de recherches en neurosciences (CRNL), spécialiste dans le développement de la méthode RT-QuIC pour l'étude et la détection de maladies neurodégénératives.
La personne recrutée sera amenée à travailler sous la supervision de F. Chirot et R. Antoine, à l'interface entre les deux équipes impliquées (cliniciens et physiciens/chimistes) et travaillera en collaboration étroite avec un ingénieur recruté dans le cadre du projet ainsi que d'une doctorante.
Contraintes et risques

Manipulation de materiel biologique