Enseignant-Chercheur Bio-Informatique Appliquée Génomique - Métagénomique H/F Ass de l Ecole de Biologie Industrielle

Détail du poste

LE POSTE EN BREF

L'enseignant-chercheur intégrera l'axe de compétences « numérique » et participera activement :
- À la formation initiale et continue des étudiant·e·s, en assurant la conception, l'animation et la coordination pédagogique des cours et projets transversaux ;
- Au développement scientifique, notamment à travers la recherche appliquée en analyses génomiques et métagénomiques, l'utilisation d'outils d'intelligence artificielle et de Machine Learning, et la mise en oeuvre de workflows bioinformatiques ;
- Au rayonnement de l'institution, et en développant des collaborations académiques et industrielles.

DETAILS DES MISSIONS

1. Enseignement et accompagnement des étudiants

Analyses génomiques et métagénomiques :
- Extraction, alignements, annotations, phylogénie
- Traitement de données issues du séquençage haut débit, incluant single-cell, spatial omics et exposome
- Mise en place et supervision de workflows bioinformatiques

Traitement et analyse de données et en intelligence artificielle :
- Enseignement des statistiques appliquées aux données biologiques
- Introduction aux concepts et outils du machine learning et deep learning
- Applications pratiques avec Python

Projets interdisciplinaires :
- Conception et supervision de projets en lien avec les besoins industriels
- Intégration de l'approche par compétences et des outils numériques
- Encadrement des projets étudiants, stages et travaux appliqués.

Le-la candidat.e :
- Assurera en pleine responsabilité les cours définis par la responsable de l'axe en lien avec le comité des programmes
- Concevra, structurera et délivrera des enseignements en français et en anglais dans son domaine, en produisant l'ensemble des supports pédagogiques nécessaires
- Interviendra en cours magistraux, TD, TP, projets, en cycle préparatoire (Bac +2), ingénieur (Bac +5), Bachelor, Mastère spécialisé
- Mobilisera le réseau alumni et professionnel pour enrichir les interventions
- Concevra et réalisera les évaluations de savoirs et de compétences
- Accompagnera les étudiant.e.s dans leurs projets académiques et d'innovation
- Assurera annuellement le tutorat d'étudiants
- Suivra des stages de courte durée ou de fin d'études

2. Recherche, Expertise, Formation continue et Conseil

Les activités de recherche seront conduites au sein du laboratoire EBInnov. Le·la candidat·e devra :
- Développer des activités de recherche, d'expertise et de conseil en lien avec les secteurs industriels de l'EBI.
- Concevoir et animer des modules de formation continue à destination des professionnels.
- Rédiger des projets de recherche et participer à des appels d'offres
- Publier régulièrement dans des revues scientifiques de référence.

3. Contribution à la vie institutionnelle :

Le-la candidat.e participera aux instances académiques et administratives en lien avec ses missions, notamment :
- Journées portes ouvertes, jurys d'admission
- Commissions internes (programmes, qualité, vie étudiante...)

LE PROFIL IDÉAL
- Doctorat en bioinformatique, biostatistique, biotechnologie ou domaine connexe.
- Maîtrise des bases de données génomiques et des outils bioinformatiques
- Expertise en analyses génomiques et métagénomiques, y compris comparative genomics, single-cell et exposome.
- Maîtrise des workflows bioinformatiques et des environnements collaboratifs
- Compétences avancées en Machine Learning, Deep Learning et intelligence artificielle appliquée aux biotechnologies
- Gestion et structuration de données massives issues du séquençage haut débit (NGS).
- Maîtrise des outils statistiques et de visualisation de données (R, Python, Power BI).
- Capacité à concevoir et à dispenser des formations pédagogiques innovantes, intégrant la pédagogie active.

QUALITÉS PROFESSIONNELLES ET PERSONNELLES
- Excellente capacité de transmission des connaissances et sens de la pédagogie.
- Communication scientifique et vulgarisation : capacité à synthétiser et transmettre des résultats complexes à différents publics.
- Parfaite aisance en français et en anglais (oral et écrit).
- Autonomie, rigueur et esprit d'équipe.
- Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire et à collaborer avec les équipes pédagogiques et industrielles.
- Sens de l'innovation pédagogique et de la mise en oeuvre de projets concrets en lien avec les besoins industriels et scientifiques.
- Maîtrise des outils bureautiques et collaboratifs (Microsoft 365)

LES + RECHERCHÉS
- Expertises en big data, single-cell ou spatial omics.
- Expérience dans la formation et l'encadrement d'étudiants.
- Maîtrise des outils pédagogiques numériques.
- Qualification Maître de Conférences (section CNU 61, 64 ou 69).

Depuis 1992, l'EBI est une école d'ingénieurs en biologie qui forme des ingénieurs et des assistants ingénieurs pour les bio-industries : cosmétique, pharmaceutique, agro-alimentaire, biotechnologie et environnement.

Acteur majeur de l'enseignement supérieur, de la formation professionnelle et de la recherche, l'EBI est une école à taille humaine qui accueille sur son Campus de Cergy : 825 étudiants, 60 collaborateurs permanents et plus de 150 intervenants extérieurs.

L'EBI est forte d'un campus de 6000m² comportant 1 plateforme technologique avec 11 laboratoires : 9 laboratoires (chimie, analytique, procédés, formulation, microbiologie, recherche microbio, recherche biologie moléculaire, biologie, culture cellulaire) et 2 panels (sensoriel et phood), qui sont au service d'EBInnov®, l'unité de recherche propre de l'école.

Rejoindre l'EBI, c'est cocher 7 valeurs : Confiance, Coopération, Optimisme, Créativité, Honnêteté, Engagement et Responsabilité.