Ingénieur de Recherche en Bioinformatique Appliquée à la Génomique et la Génétique des Populations H/F CNRS

Détail du poste

Dans le cadre du projet régional VIP-BZH (cofinancé par l'ANR DIVCLIM), l'ingénieur·e recruté·e apportera son expertise scientifique, technique et analytique à la conduite d'analyses bioinformatiques et omiques visant à évaluer la diversité génétique, la résilience écologique et les capacités d'adaptation de la vipère péliade (Vipera berus) face au changement climatique.
Sous la responsabilité scientifique du porteur de projet et en interaction avec les plateformes (EcogenO, EcoChim) et les partenaires du projet DIVCLIM, l'IR assurera :
- Le pilotage et le suivi de l'acquisition et du traitement des données génomiques, transcriptomiques et métabolomiques.
- La structuration et l'analyse bioinformatique des données issues de séquençages haut débit.
- La gestion, la documentation, l'archivage et la valorisation des données générées.
Activités
- Planifier et coordonner les campagnes d'échantillonnage de terrain en Bretagne, en lien avec les partenaires locaux habilités.
- Préparer les échantillons (extraction ADN/ARN, QC) pour le séquençage et la métabolomique selon des protocoles établis.
- Développer et exécuter les pipelines bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage (diversité génétique, structure de population, RNAseq, etc.).
- Réaliser les analyses statistiques des données omiques (génomique, transcriptomique, métabolomique).
- Etablir et maintenir une base de données structurée des résultats et métadonnées associées.
- Participer à l'interprétation des résultats dans un cadre évolutif et éco-physiologique.
- Contribuer à la valorisation des résultats scientifiques (rapports, présentations, publications).

Compétences
- Doctorat requis (écologie évolutive, biologie des populations, bioinformatique ou domaine connexe).
- Expérience confirmée en bioinformatique appliquée aux données de génomique haut débit.
- Maîtrise des outils et environnements d'analyse de données génétiques (R, bash, Python, Galaxy, etc.).
- Compétences souhaitées en biologie moléculaire ou biochimie (extraction d'ADN/ARN, PCR, QC).
- Compétences en statistiques et traitement de données omiques.
- Rigueur scientifique, capacité à organiser, documenter, capitaliser et valoriser les résultats.
- Bon relationnel et capacité à interagir dans une équipe multidisciplinaire.
- Bonne maîtrise de l'anglais écrit et oral (rapports, publications, présentations).
- Une expérience en herpétologie serait un plus.
Contexte de travail

La personne recrutée intégrera l'UMR CNRS 6553 ECOBIO (https://ecobio.univ-rennes.fr/en/), laboratoire reconnu en écologie évolutive, fonctionnelle et comportementale. Elle collaborera avec les plateformes PEM et EcogenO (analyses moléculaires) ainsi qu'EcoChim (analyses métabolomiques). Elle interagira étroitement avec les partenaires scientifiques du projet DIVCLIM (ANR 2024-2028) et les acteurs bretons de la conservation.
Contraintes et risques

Le ou la candidat·e doit avoir réalisé 18 mois de recherche hors de France entre le 1er mai 2021 et le début du contrat.