Ingénieur·e d'Etude en Calcul Scientifique H/F Inrae Clermont-Ara St-Genes-Champanelle
Clermont-Ferrand - 63 CDD- 2 244,79 € / mois
- Bac +5
- Service public des collectivités territoriales
- Exp. - 1 an
- Exp. 1 à 7 ans
- Exp. + 7 ans
Les missions du poste
Vous exercerez votre activité au sein de l'infrastructure scientifique collective GENTYANE, dirigée par Charles Poncet. La plateforme propose des services en génomique, en particulier du génotypage et du séquençage courts et longs fragments. Au quotidien, vous travaillez en étroite collaboration avec les personnels de GENTYANE, ses clients et la plateforme Bioinformatique du GDEC dirigée par Pauline Lasserre-Zuber. Vous devrez également interagir avec le personnel du Mésocentre de l'Université Clermont-Auvergne (UCA) qui héberge et administre notre infrastructure de stockage et de calculs. Vous serez encadré.e directement par Véronique Gautier (Ingénieure d'Etude).
Contexte de travail :
La plateforme Gentyane propose une offre de service de séquençage "long-reads" avec les technologies développées par Pacific Biosciences (Revio) et par Oxford Nanopore Technologies (Promethion 2), ainsi qu'une offre de séquençage "short reads" avec le séquenceur Aviti d'Element Biosciences actuellement en production.
Votre mission consistera à assurer le traitement bio-informatique des données issues de ces technologies et de délivrer les données traitées aux clients.
Vous serez également amené.e à travailler sur les données de génotypage produites sur la plateforme.
Vous assurerez la maintenance des serveurs (mises en réseau, mises à jour, débogage), ce qui nécessitera d'interagir avec les supports techniques des fournisseurs (PacBio, ONT et Element Biosciences) et les supports informatiques internes à INRAE et l'UCA.
Vous serez plus particulièrement en charge de :
1. Mettre en oeuvre des méthodes bioinformatiques, notamment des méthodes de calculs distribués et de parallélisation sur les données afin de traiter des volumes massifs de données.
2. Assurer le stockage et le traitement bioinformatique des données issues des séquenceurs ADN et délivrer les données traitées aux clients.
3. Mettre en oeuvre des techniques informatiques pour optimiser la programmation et l'accès aux données.
4. Mener une veille technologique régulière, en particulier sur les technologies long-reads, via la consultation de publications scientifiques, les séminaires scientifiques et technologiques de la communauté clermontoise, la surveillance de dépôts GitHub et de forums bio-informatiques/informatiques spécialisés, l'analyse des retours d'expérience d'utilisateurs.
5. Elaborer des stratégies d'analyse bioinformatique et des développements de pipelines pour traiter les données de séquençage selon les besoins du client en intégrant des gestionnaires d'outils, de workflow, et des conteneurs d'environnements (Conda, Snakemake, Singularity).
6. Développer des étapes complémentaires de pipelines en langages de programmation Python, bash et R.
7. Installer des outils bio-informatiques existants et les adapter aux caractéristiques du cluster de calcul du Mésocentre UCA.
8. Assurer la maintenance des serveurs (mises en réseau, mises à jour, débogage), ce qui nécessitera d'interagir avec les supports techniques des fournisseurs (PacBio, ONT et Element Biosciences) et les supports informatiques internes à INRAE et l'UCA.
9. Appliquer les principes FAIR, en intégrant notamment des gestionnaires d'outils (Conda), de workflow (Snakemake, Nextflow), et des conteneurs d'environnements (Docker, Singularity) dans les pipelines et en maintenant un dépôt de scripts Gitlab.
Date de prise de fonction souhaitée au 01/08/2025.
Le site de Crouël est directement desservi par les lignes de bus régulières T2C n°9, n°35 et n°36.
Le profil recherché
Experience : Débutant accepté
Compétences : Analyser, exploiter, structurer des données, Analyser les données d'une étude, d'un projet, Recueillir et analyser les besoins client, Rédiger un cahier des charges, des spécifications techniques, Relayer de l'information
Qualification : Cadre
Secteur d'activité : Recherche-développement en autres sciences physiques et naturelles
Liste des qualités professionnelles :
Faire preuve de rigueur et de précision : Capacité à réaliser des tâches en suivant avec exactitude les règles, les procédures, les instructions qui ont été fournies, sans réaliser d'erreur et à transmettre clairement des informations. Se montrer ponctuel et respectueux des règles de savoir-vivre usuelles.
Travailler en équipe : Capacité à travailler et à se coordonner avec les autres au sein de l'entreprise pour réaliser les objectifs fixés.
Être à l'écoute, faire preuve d'empathie : Capacité à écouter activement, réceptionner des informations et messages, faire preuve d'ouverture d'esprit et de diplomatie.
Bienvenue chez Inrae Clermont-Ara St-Genes-Champanelle
L'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) est un établissement public de recherche.
Le Centre Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes est un des sites historiques de l'institut, avec des recherches de pointe dans des secteurs clés de l'agriculture, de l'environnement et de l'alimentation : la nutrition humaine préventive, les céréales, la qualité des produits, les territoires, l'élevage à l'herbe, la robotique appliquée à l'agriculture...
- Clermont-Ferrand - 63
- CDD
Créez une alerte
Pour être informé rapidement des nouvelles offres, merci de préciser les critères :
Finalisez votre candidature
sur le site du partenaire
Créez votre compte pour postuler
sur le site du partenaire !
sur le site du partenaire
sur le site du partenaire !
Recherches similaires
- Job Ingénieur
- Job Logistique
- Job Issoire
- Job Thiers
- Job Riom
- Job Ambert
- Job La Bourboule
- Job Saint-Éloy-les-Mines
- Job Cournon-d'Auvergne
- Job Lezoux
- Job Vic-le-Comte
- Job Brassac-les-Mines
- Job Cariste
- Job Préparateur de commande
- Job Manutentionnaire
- Job Magasinier
- Job Agent de quai
- Entreprises Logistique
- Entreprises Ingénieur
- Entreprises Clermont-Ferrand
- Job Fonction publique
- Job Collectivités
- Job Fonction publique territoriale
- Job Débutant
- Job Public
- Job Fonction publique Clermont-Ferrand
- Job Collectivités Clermont-Ferrand
- Job Fonction publique territoriale Clermont-Ferrand
- Job Cdd Clermont-Ferrand
- Job Public Clermont-Ferrand
{{title}}
{{message}}
{{linkLabel}}