Ingénieur de Recherche Bio-Informaticien en Génomique Comparative H/F Sorbonne Universite

Détail du poste

Fonctions : Ingénieur-e de recherche bio-informaticien en génomique comparative
Catégorie : A
Corps : IGR
BAP : A
Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données - A1A41

CDD de 18 mois.

Poste à pourvoir à compter du 1er septembre 2025.

Mission et positionnement dans l'organisation :

La Plateforme de bioinformatique ABIMS de la Station biologique de Roscoff, en collaboration avec l'équipe Diseem (Dispersion, spéciation et évolution des espèces marines) de l'unité de recherche UMR 7144, ouvre un contrat de 18 mois d'ingénieur de recherche en génomique comparative et évolutive.

L'absence d'attirance sexuelle entre populations distinctes est un puissant moteur de spéciation. L'ANR SEXISOL (porteur Thomas Broquet) vise à comprendre comment ces mécanismes d'isolement sexuel évoluent, en testant l'hypothèse selon laquelle la sélection sexuelle divergente en est à l'origine, et en explorant le rôle des chromosomes sexuels et des remaniements chromosomiques dans cette évolution.

Activités principales :

Le/la candidat·e aura pour objectif d'analyser des données de séquençage de génomes provenant d'un complexe de cinq isopodes marins (Jaera albifrons) qui serviront ensuite à l'étude des mécanismes de l'évolution de l'isolement sexuel dans ce groupe d'organismes au sein du consortium de l'ANR sexisol.

La personne recrutée sera chargée de l'assemblage au niveau haplotypique, ainsi que de l'annotation structurale et fonctionnelle des génomes des quatre espèces européennes du complexe Jaera albifrons. Les données à traiter seront issues en particulier d'une stratégie de séquençage en trio qui se compose de données de type long-reads HiFi pour plusieurs individus barcodés individuellement et de données short-reads pour leurs parents, dans le but d'identifier et assembler séparément les haplotypes parentaux transmis par la mère et le père. Ces données seront obtenues pour plusieurs individus de plusieurs familles (trios) de 1 à 4 espèces différentes. Pour en faciliter l'assemblage, ces données seront éventuellement à combiner avec des cartes de liaison obtenues précédemment avec des marqueurs dd-RAD seq. La personne recrutée sera également amenée à prendre en charge des assemblages de transcriptomes individuels pour ce même groupe d'espèces.

Conduite de projets : Non

Encadrement : Non

Connaissances :
- Connaissances théorique en génétique et biologie moléculaire
- Connaissances théorique en Génomique comparée
- Interprétation et mise en forme des résultats obtenus (publication)
- Maîtrise des langages de programmation (Bash, Python, R), des outils de gestion de code et d'environnements logiciels (Gitlab, Conda, cluster de calcul de type HPC, etc.), ainsi que des outils d'interfaçage appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (moteur de workflows)

Compétences métiers :
- Compétences en l'analyse de données DNA-seq et RNA-seq.
- Compétences en assemblage de novo de haute qualité de génomes d'eucaryotes (données HiFi PacBio, Short reads, cartes de liaison RADseq)
- Compétences en annotation structurale et fonctionnelle de génomes eucaryotes
- Compétences en analyses phylogénétiques et évolutives de familles de gènes

Compétences relationnelles :
- Compétences linguistiques : très bon niveau d'anglais et compétences en communication
- Capacité à travailler de manière autonome, à communiquer et à travailler en équipe
- Le/la candidat-e doit être très motivé-e, curieux/curieuse et enthousiaste à l'idée de travailler dans une équipe collaborative, avec des échanges étroits avec les bio-informaticiens et analystes d'ABiMS et les équipes de recherche de l'ANR Sexisol (en particulier en soutien aux doctorants / post-doctorants du consortium).

Choisir Sorbonne Université, c'est rejoindre une université engagée sur les enjeux de développement durable, de diversité, d'égalité, d'innovation, de diffusion des savoirs, d'ouverture sur le monde et de qualité de vie au travail de ses personnels.

Université pluridisciplinaire de recherche intensive de rang mondial, elle s'attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle et à transmettre les connaissances issues de ses laboratoires et de ses équipes de recherche.

Déployant ses formations auprès de 55 000 étudiantes et étudiants dont 4000 doctorantes et doctorants et 12300 étudiantes et étudiants étrangers, elle regroupe plus de 3300 enseignantes et enseignants, enseignantes-chercheuses et enseignants-chercheurs, chercheuses et chercheurs, près de 4 000 enseignants-chercheurs et enseignants partenaires, environ 3 000 personnels de bibliothèque, administratifs, technique, sociaux et de santé (BIATSS) et 2000 ITA partenaires. Son budget est de plus de 700 M€.

Située au coeur de Paris, elle présente une organisation avec des directions interfacultaires et trois facultés de « Lettres », « Santé » et « Sciences et Ingénierie » et est présente dans plus de 27 sites en Île-de-France et en régions http://www.sorbonne-universite.fr

Ce poste est à pourvoir au sein de la faculté des sciences et ingénierie - http://sciences.sorbonne-universite.fr

Structure d'affectation (composante/direction/service) :

La personne recrutée travaillera au sein de la plate-forme de bioinformatique et d'analyse ABiMS et en collaboration avec le consortium ANR Sexisol piloté au sein de l'UMR 7144 à Roscoff.

ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) est une plate-forme de bioinformatique intégrée à l'institut français de bioinformatique travaillant en étroite collaboration avec plusieurs groupes de recherche au sein de la station biologique ainsi que des collaborateurs externes. Elle fournit son expertise en analyse de données et développements logiciels, des outils et une infrastructure informatique performante permettant d'assurer un environnement efficace pour une recherche intégrée.

Lieu d'affectation (campus...) :

La Station Biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Il est situé dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l'Est de Brest. Le personnel du SBR comprend environ 300 employés dont 150 permanents.