Ingénieur d'Études en Bioinformatique H/F CNRS

Détail du poste

L'IE en bioinformatique travaillera en soutien d'un projet visant à évaluer les changements cellulaires de la dystrophie musculaire de Duchenne. L'agent traitera et analysera des données obtenues en RNA-seq sur noyaux uniques. Il/elle établira les liste de gènes différentiellement exprimés entre cellules saines et dystrophiques.

Activités
Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'analyse et l'interprétation des données
Réaliser les projets d'analyses de données biologiques du laboratoire, en utilisant les outils actuels de bioinformatique
Identifier, concevoir et développer les outils informatiques adaptés aux problématiques de l'équipe ou des collaborations permettant d'exploiter les données obtenues
Compétences
Avoir eu une première expérience en analyses omiques ou multiomiques (Bulk RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, single cell/nuclei, etc.)
Maîtriser les éléments de langages propres à la bioinformatique pour permettre une bonne communication avec les biologistes/techniciens/hors milieu de la bioinformatique
Maîtriser les aspects basiques de la bioinformatique (contrôle-qualité du séquençage, contrôle-qualité de l'alignement contre une référence, savoir rechercher une information dans des fichiers de séquençage ou d'alignements)
Maîtriser les bonnes pratiques de la visualisation de l'information
Connaître et savoir différencier les techniques de comptages de reads en sortie d'alignement
Maîtriser au moins un outil d'analyses différentiels (DESeq2, limma et, ou edgeR)
Maîtriser au moins un outil d'alignement contre une référence (STAR, Bowtie2, BWA)
Contexte de travail



Vous travaillerez au sein de l'unité MeLiS (Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS 5284 INSERM 1314) située dans la faculté de Médecine et de pharmacie de Rockefeller, dans l'équipe de Marcelle-LeGrand.
Les équipes MeLiS s'intéressent aux mécanismes moléculaires opérant dans une variété de compartiments cellulaires, dans les cils, les membranes, les axones, synapses et circuits, avec un accent particulier sur les cellules neuronales et musculaires.
Nous étudions un éventail de processus biologiques et leurs altérations dans les maladies humaines affectant les organismes en développement, adultes et vieillissants.

Pour plus d'information sur l'équipe de recherche de Marcelle-LeGrand (Formation, croissance et réparation du muscle) que vous intégrerez : https://inmg.fr/melis/fr/team\_marcelle.php

En intégrant le CNRS, voici ce que nous vous proposons :
- Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
- 44 jours de congés / RTT par an
- D'excellentes conditions de travail (horaires flexibles, télétravail)
- Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
Contraintes et risques

N/A