Ingénieur·e Biologiste en Traitement de Données H/F CNRS

Détail du poste

Microscopie à fluorescence hautement résolue, imagerie spectrale,
décomposition spectrale, analyse d'images, modélisation et quantification
L'ingénieur.e en microscopie mettra en oeuvre une ou plusieurs techniques expérimentales de microscopie super-résolue spectrale conduisant à l'obtention de connaissances quantitatives sur des nanostructure comme cibles pour la calibration et la métrologie. Plus particulièrement, il ou elle utilisera les techniques d'imagerie multi-spectrale et de décomposition spectrale en microscopie par fluorescence (TIRF, SAF, light-sheet), d'analyse d'images quantitative et de modélisations/optimisiations. Il ou elle mettra en oeuvre des essais optiques in-situ et participera potentiellement à la définition d'un nouveau standard microscopique.
Activités
- Définir un ensemble de protocoles expérimentaux, adapté à un échantillon nanoscopique et aux finalités d'un projet scientifique
- Effectuer ou superviser la conduite des observations, expériences, traiter les données expérimentales, interpréter les résultats en relation avec les objectifs de recherche
- Former et assister des étudiants sur les principes et la mise en oeuvre d'une ou plusieurs techniques de caractérisation
- Gestion de la maintenance d'un microscope (alignement, mises à jour, intefaçage, contact avec les fournisseurs ou le SAV, passage de commande consommables), gestion et résolution des pannes
- Gestion d'échantillons test en lien avec des collaborateurs étrangers
- Participation à la définition d'un standard pour microscopies super-résolues (rédaction d'un cahier des charges ; réalisation d'essais comparatifs entre différents fournisseurs ; définition de grilles de tests multi-matériaux ; organisation de réunions avec les fournisseurs ; suivi de projet)
- Diffuser et valoriser ses résultats sous forme de rapports techniques, publications ou communications
- Gestion du matériel optique et microscopique
- Intégration des données issues des mesures effectuées avec les données obtenus
préalablement par des techniques de nanocaractérisation
- Veille technologique
Compétences
Connaissances (savoirs) :
- Optique
- Microscopie (instrumentation, composantes, limitations, théorie de formation d'image)
- Fluorescence (connaissance en fluorophores, physico-chimie et photonique, et connaissance de base en chimie)
- Microscopie à fluorescence (principe, filtres, paramètres)
- Spectroscopie
- Méthodes et techniques de décomposition spectrale
- Connaissance en analyse d'image (ImageJ, MATLAB, IMARIS, Python)
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues
Compétences opérationnelles (savoirs-faire) :
- Recevoir, gérer, et suivre l'utilisation et l'analyse des échantillons de mesure
- Maîtriser une ou plusieurs méthodes et techniques de microscopie optique (TIRF, confocal,
light-sheet)
- Maîtriser une ou plusieurs méthodes d'acquisition spectrale
- Maîtriser une ou plusieurs méthodes de décomposition spectrale
- Maîtriser une ou plusieurs méthodes d'analyse quantitative de données issues de la microscopie
- Rédiger un rapport technique
Compétences comportementales (savoirs-être) :
- Travail d'équipe
- Autonomie pour progresser sur le travail
- Polyvalence
- Créativité et analyse critique
- Sens de l'initiative
Contexte de travail

'activité de l'ingénieur.e s'inscrit dans le périmètre du projet NANOSCALE (voir https://
nanoscale.sppin.fr) qui a pour but d'avancer la métrologie en microscopies à super-résolution,
faciliter la microscopie à fluorescence quantitive et de donner aux ingénieurs et chercheurs
d'outils pour des mesures plus précises de la position des fluorophores le long l'axe optique. Ce
projet, initialement financé par un contrat UE, a récemment connu une extension visant la
calibration de la position axiale des fluorophores par la couleur, activité qui ajoute notamment un
volet spectroscopique à notre projet.
Le travail s'effectuera au laboratoire Saints Pères Paris Institute for the Neurosciences (SPPIN,
http://sppin.fr) Unité Mixte de Recherche (UMR) possédant deux tutelles : le CNRS et l'UPC. Le
SPPIN est situé dans Paris intramuros, sur le campus Saint Germain d'UPC au 45 rue des Saints
Pères 75006 Paris.
Les travaux des 8 équipes du SPPIN sont pluridisciplinaires et se focalisent sur l' optique, la
biophysique, les neurosciences moléculaires et cellulaires ainsi que la neurophysiologie. Le SPPIN
est reconnu internationalement pour son excellence en recherche fondamentale sans négliger de
potentiels applications, (Driven by curiosity, enabled by technology). Le laboratoire comprend également une équipe transversale (Core unit) qui mène des développements méthodologiques et en instrumentation, notamment à l'interface de l'optique. L'effectif du laboratoire est d'environ
75 personnes. L'environnement est très international, la langue de travail est l'anglais.
Au sein du SPPIN, l'ingénieur.e recruté.e travaillera au sein de l'équipe de recherche Biophysics of
the Brain (Oheim). L'équipe est constituée d'un DR CNRS, 3 enseignants-chercheurs, 1 ingénieur de recherche, 2 ingénieures d'études, 3 thésards et un nombre variable d'étudiant.e.s et stagiaires. Elle travaille sur plusieurs projets autour des interactions neurone-gaie à la fois expérimentales et technologiques pour faire le lien entre les mécanismes synaptiques
Contraintes et risques

N.A.