CDD - Technicien·ne en Biologie Moléculaire H/F Ifremer
La Tremblade - 17 CDD- 🕑 18 mois
- Bac +2
- Bac +3, Bac +4
- Secteur Energie • Environnement
- Exp. - 1 an
- Exp. 1 à 7 ans
Les missions du poste
> Qui sommes-nous ?
L'unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins, https://asim.ifremer.fr/Presentation), implantée à la station Ifremer de La Tremblade, s'intéresse à la santé des espèces d'intérêt en l'aquaculture marine, avec un fort ancrage sur les mollusques bivalves. Elle développe une expertise reconnue sur les interactions entre ces espèces et leurs organismes pathogènes associés, ainsi que sur les bases génétiques des réponses adaptatives mises en oeuvre dans un environnement ouvert et en constante évolution. Les travaux de l'unité s'articulent principalement autour de trois axes :
1) décrire la diversité des invertébrés marins et des micro-organismes pathogènes ;
2) comprendre les interactions entre invertébrés, agents pathogènes et facteurs environnementaux ;
3) anticiper l'émergence de nouvelles maladies ou de formes innovantes d'invertébrés marins.
Ces recherches visent à renforcer les connaissances fondamentales tout en apportant des éléments concrets pour accompagner le développement durable de l'aquaculture.
Au sein du département RBE (Ressources Biologiques et Environnement), dans l'unité ASIM (Adaptation et Santé des Invertébrés Marins), vous serez placé·e sous la responsabilité de la Responsable de l'unité ASIM.
Vous contribuerez à la préparation et l'analyse d'échantillons afin d'acquérir des données moléculaires visant à décrire la diversité des communautés benthiques et des agents pathogènes associés dans différents habitats anthropisés (ports, bouées, éoliennes offshore, sites de conchyliculture) ainsi que dans des habitats naturels (estran), le long du littoral ou au large.
> Quels seront vos missions ?
Dans un contexte d'artificialisation croissante du littoral (développement de l'éolien offshore, extension des infrastructures portuaires, etc.), le projet GreyCo a pour objectif d'étudier la connectivité marine entre les populations côtières d'invertébrés marins (moules, ascidies...) et celles colonisant les structures artificielles, ainsi que de caractériser les communautés benthiques et pathogènes associées à ces écosystèmes.
Dans ce cadre, vous participerez à la préparation et à l'analyse d'échantillons afin d'obtenir des données moléculaires pour :
- Décrire les communautés benthiques associées aux deux modèles biologiques du projet GreyCo (moules et ciones), via des approches de métabarcoding.
- Identifier et caractériser les communautés de pathogènes associés à ces modèles, via des approches de qPCR, de métabarcoding et de métagénomique (séquençage ONT).
Vous serez également impliqué.e dans les campagnes de terrain pour le prélèvement et la conservation des échantillons biologiques.
> Quelles seront vos activités ?
Vous participerez aux différentes étapes de préparation des échantillons et d'analyse moléculaire, incluant :
- L'extraction de l'ADN environnemental (bulk DNA) à partir d'échantillons issus de l'homogénéisation d'organismes fixés sur les structures artificielles ou naturelles (éoliennes, ports, estran, bouées, zones de conchyliculture), la quantification de cet ADN extrait, et la préparation des librairies de séquençage (marqueurs 16S, 18S, COI) dans le cadre d'approches de métabarcoding (technologie Oxford Nanopore).
- L'extraction de l'ADN individuel à partir de moules (i.e. microbiote des moules), la réalisation de qPCR ciblées pour la détection d'agents pathogènes (ex. la bactérie Francisella halioticida, le parasite Marteilia pararefringens), ainsi que préparation de librairies pour des analyses de métabarcoding (16S, 18S) et de métagénomique via la technologie ONT.
Vous participerez également aux campagnes de terrain. Vous serez en charge de la collecte des échantillons, principalement prélevés par les industriels sur les éoliennes, ainsi que de leur conservation selon les protocoles appropriés (éthanol, RNAlater, DNAshield).
L'adresse du poste
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Le profil recherché
Qui êtes-vous ?
- Vous êtes titulaire d'un Bac +2 à Bac +3 en bilogie moléculaire
- Expérience d'embarquement souhaitée
- Expérience professionnelle appréciée
Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :
- Extraction d'ADN, quantification et qualification
- PCR and qPCR, quantification et qualification
- Purification de produit de PCR
- Préparation de librairie de séquençage Nanopore
- Expérience en Métabarcoding et Métagénomique serait un plus
Vous avez les qualités suivantes :
- Rigueur et autonomie
- Facilité de communication
- Aptitude à travailler en équipe et esprit d'initiative
- Curiosité
Bienvenue chez Ifremer
Rejoignez l'Ifremer pour un océan mieux compris, mieux protégé qui demeure un allié du bien-vivre sur la planète
Des abysses à la surface, de la côte au large, l'Ifremer est l'institut de recherche français entièrement dédié à l'Océan. Ses équipes mènent des recherches, innovent et produisent des expertises pour protéger l'océan, exploiter ses ressources de manière responsable et partager les données marines.
L'Ifremer apporte son expertise scientifique pour éclairer les politiques publiques et élabore des solutions puisées dans l'océan pour répondre aux enjeux de la transition écologique. Opérateur de la Flotte océanographique française avec sa filiale d'armement Genavir, l'Ifremer imagine, conçoit et déploie des moyens technologiques de pointe pour percer les mystères de l'océan.
Rejoignez nos équipes, composées de 1500 scientifiques et métiers supports à la recherche, et présentes sur tout le littoral métropolitain et en Outre-mer.
www.ifremer.fr
Infos complémentaires
- Temps complet.
- Possibilité de participer à l'échantillonnage sur le terrain.
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