Ingénieur de Recherches Estimation de l'Apparentement au Sein d'Une Population de Requins Bouledogues par Génotypage Snps H/F CNRS

Détail du poste

Nous proposons un contrat d'ingénieur de recherches de 1 mois et 15 jours dans le cadre du projet ANR Etho-predator. Ce projet a pour objectif d'estimer les liens de parentés entre individus en utilisant des SNPs obtenus par RAD sequencing. La personne recrutée sera affectée à l'UMR CEBC et travaillera en collaboration avec Amélia Viricel-Pante de l'UMR LEMAR.
Activités
La personne recrutée sera en charge du traitement bioinformatique des données RADseq en utilisant un cluster de calcul, de l'analyse des SNPs obtenus afin d'estimer les liens de parentés entre individus, ainsi que de la synthèse des résultats dans un rapport dont il/elle assurera la rédaction.
Compétences
Le.a candidat.e. devra avoir une formation en génomique des populations et des compétences solides en bioinformatique.
Contexte de travail

: Le projet Etho-predator étudie l'existence de personnalités (tempéraments) au sein de deux taxons, les orques et les requins bouledogues, et vise à élucider les mécanismes biologiques et écologiques à l'origine de l'émergence d'individus à problèmes dans les conflits entre l'homme et les grands prédateurs marins. Une idée reçue consiste à penser que l'émergence d'animaux à problème au sein des populations de grands prédateurs marins serait la résultante de facteurs externes qui viendraient modifier le comportement inné et homogène des individus d'une population donnée. Notre hypothèse teste le paradigme inverse qui voudrait que, sans ignorer l'influence de ces facteurs externes, les comportements à problème (à l'égard de l'Homme) seraient plutôt la résultante de comportements individuels très différenciés entre animaux d'une même espèce et soumis aux mêmes facteurs externes, sachant que ces comportements seraient eux-mêmes assujettis à l'existence de fortes personnalités. L'objectif ultime est d'utiliser cette meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents à l'émergence des individus à problème pour en tirer des approches de gestion innovantes et moins délétères à l'égard de ces animaux. Au sein du WP1 du projet dans lequel s'intègre ce contrat, les relations de parenté entre individus de la population de requins bouledogues étudiée seront évaluées (apparentement réalisé) par une méthode génomique basée sur des marqueurs SNPs obtenus par RAD sequencing. Ces données seront ensuite intégrées dans une approche de génétique quantitative afin d'estimer l'héritabilité des comportements observés.
Contraintes et risques

RAS