Ingénieur en Bioinformatique H/F CNRS

Détail du poste

Identification des variants germinaux prédisposants au lymphome canin par séquençage nouvelle génération.

Le sarcome histiocytaire (SH) est un cancer extrêmement rare, tant chez l'homme que chez le chien, présentent des similitudes notables dans leur biologie et leur agressivité, offrant ainsi une opportunité unique d'explorer les mécanismes sous-jacents à cette pathologie à travers une approche d'oncologie comparée. Les données de l'étude Golden Retriever Lifetime Study placent le SH au cinquième rang des causes de décès, après l'hémangiosarcome, le lymphome et les cancers d'origine non spécifiée. L'étude Golden Retriever Lifetime Study, supporté pas la fondation Morris, a fourni des données de génotypage et d'échantillonnage pour 39 cas affectés et 381 témoins non affectés, ce qui a permis d'identifier par GWAS un locus de prédisposition commun au SH et lymphome. Ce projet vise maintenant à identifier les mutations de ce locus associé à la prédisposition aux cancers hématopoïétiques grâce au séquençage du génome entier de 90 chiens (atteints et non atteints) par NGS.

Objectifs spécifiques :

- Identification des mutations ponctuelles, les petites insertions/indels, ainsi que les variants structurels dans ce locus à l'aide des pipelines bioinformatiques les plus récents.
- Filtrer les variants selon leurs associations ou non avec les génotypes à risque et annotation fonctionnelle des variants avec les outils dédiés (VEP, SNPeff, phyloP scores...) afin de prioriser les variants candidats.

Cette approche permettra de prioriser les variants candidats pour expliquer la prédisposition à ce cancer aggresif chez le chien Cela contribuera non seulement à une compréhension approfondie des mécanismes sous-jacents à cette maladie,, ouvrant ainsi la voie à des avancées transposables en médecine humaine et vétérinaire.

Activités
1/ Analyser les données
- Réaliser les analyses primaires bioinformatiques (contrôle qualité, mapping,...).
- Tester de nouveaux protocoles bioinformatiques.
- Intégrer les résultats avec les données disponibles dans la littérature scientifique.
2/ Diffuser et valoriser les résultats du projet
- Participer à l'écriture de rapports techniques pour partager les résultats.
- Participer aux réunions d'avancée du projet avec les équipes collaboratrices.

Compétences
Savoir/Connaissances :
- Connaissances des analyses bioinformatiques des variants à partir de NGS
- Maîtrise de l'anglais technique

Savoir faire :

- Communication auprès des collègues de travail
- Sens de l'organisation permettant de réaliser plusieurs anlayses en parallele.

Savoir être :
- Dynamisme
- Capacité à travailler en équipe
- Motivation pour la recherche
- Sens de l'organisation

Contexte de travail

. C'est une des 16 équipes de recherche de l'Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR) situé sur le campus santé de l'université de Rennes.
L'Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR ; CNRS-UMR6290) est l'un des principaux instituts de recherche dédié à la recherche fondamentale en biologie de la région Bretagne.
Fort de ses ~200 membres, l'IGDR s'engage dans la conception d'approches innovantes et pluridisciplinaires pour développer une meilleure compréhension quantitative et dynamique de la vie, explorer la régulation, la dynamique et la robustesse de la division et de l'identité des cellules. L'IGDR développe une activité scientifique liée à des approches aux frontières des mathématiques, de la physique, de l'informatique et de la biologie.
L'équipe Génétique du chien s'intéresse aux bases (épi-)génétique des maladies canines comme modèles pour les maladies humaines. Récemment, l'IGDR a développé un plateau de séquençage "long-read" par la technologie ONT et dispose de 3 MinION, 1 P2-solo et un GridION. De plus, un accès privilégié la plateforme bioinformatique Genouest facilite l'analyse bioinformatique des données générées.
La ville de Rennes est une ville vivante et dynamique de l'Ouest de la France avec un accès facile et direct à Paris (1h 20 min en train). Grâce à sa qualité de vie élevée, son environnement attrayant et sa population étudiante dynamique, elle est régulièrement considérée comme l'une des villes les plus agréables à vivre en France.
. C'est une des 16 équipes de recherche de l'Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR) situé sur le campus santé de l'université de Rennes.

Contraintes et risques

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